- 2024 - 2029 昆虫大進化:無変態昆虫から解き明かす「変態」の進化的起源とその進化原理
- 2022 - 2026 シロアリの社会性進化の新理論:遺伝子重複による新たな発現調節の獲得機構の解明
- 2020 - 2024 アブラムシ細胞内共生の分子機構をゲノム編集で明らかにする
- 2020 - 2023 ホタルの全ゲノム情報と人工飼育ホタルを用いた、昆虫の新奇形質獲得メカニズムの解明
- 2019 - 2022 共生ゲノミクスによる新規抗菌ペプチドの革新的探索法の開発
- 2017 - 2022 進化の制約と方向性 ~微生物から多細胞生物までを貫く表現型進化原理の解明~
- 2017 - 2022 昆虫-微生物共生可能性の探索と分子基盤の解明
- 2019 - 2021 共生微生物による配偶子インテグリティの構築とその制御
- 2017 - 2021 共生系の遺伝子ネットワークの制御機構とその進化
- 2015 - 2019 キノコ栽培を行うシロアリの菌床維持機構を制御する分子基盤
- 2015 - 2018 共生細菌が持つ雄殺し遺伝子の同定とその利用基盤技術の開発
- 2015 - 2018 植物の有性生殖器官形成の新奇マスター転写因子の同定と機能解析
- 2013 - 2018 次世代ソシオゲノミクス:シロアリの社会性に関わるゲノム基盤の全容解明
- 2013 - 2017 トランスクリプトームとエネルギー代謝から紐解くマングローブの生態ニッチ決定機構
- 2013 - 2016 次世代シーケンシング技術を利用したアブラムシ社会の分子基盤および進化に関する研究
- 2013 - 2016 共生による生命システムの統合と進化:アブラムシ細胞内共生系をモデルに
- 2010 - 2016 非モデル生物におけるゲノム解析法の確立
- 2013 - 2015 ゲノムアダプテーションとしての表現型可塑性:アブラムシの繁殖多型からのアプローチ
- 2013 - 2014 性差を呈する家族性拡張型心筋症とモデルマウスを対象にした性差誘因機序の解明
- 2010 - 2012 共生による新規性創出の遺伝子基盤の解明
- 2007 - 2008 始原生殖細胞の比較システムズバイオロジー
- 2001 - 2003 ショウジョウバエをモデルとした生殖細胞決定機序の解明
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