- 2020 - 2023 国内外来種の侵入による在来種群の消滅のメカニズムの解明
- 2017 - 2019 遺伝子制圧技術による外来魚の根絶のための実証魚の開発
- 2016 - 2018 タイワンシジミの雄性発生とandrodioecyの起源,多様性獲得法の解明
- 2016 - 2018 特定外来種ヌートリアに見る外来種の定着成功要因の解明
- 2014 - 2016 遺伝子編集技術を用いた不妊化魚による外来魚の根絶を目的とした遺伝子制圧技術の開発
- 2013 - 2015 特定外来種ヌートリアの日本「侵略」成功のメカニズム
- 2012 - 2014 東アジアの広域に見られるニホンスッポン種群の個体群分類学的研究
- 2011 - 2013 分子遺伝学的手法による雄性発生シジミの起源と核ゲノムクローン性に関する研究
- 2010 - 2012 移入種の定着のための遺伝的、生態的要因の解明
- 2008 - 2012 渓流資源増大技術開発事業
- 2007 - 2009 特定外来種ブルーギルの日本定着成功要因についての進化生物学的研究
- 2005 - 2006 近縁外来種の侵入が在来種に与える生態・遺伝的影響に関する実証的研究
- 2001 - 2002 河口域ヤマトシジミ漁場に侵入した外国産シジミの遺伝的特性解明-雄性発生シジミのヤマトシジミに及ぼす影響-
- 2000 - 2001 中国および朝鮮半島におけるコイ目タナゴ亜科魚類の系統分類と生物地理学的研究
- 1998 - 1999 中国大陸及び朝鮮半島におけるコイ目タナゴ亜科魚類の系統分類と生物地理学的研究
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