- 2020 - 2030 量子生命技術の創製と医学・生命科学の革新
- 2023 - 2028 メゾヒエラルキーの学理構築
- 2023 - 2028 メゾヒエラルキー理論
- 2023 - 2026 クライオ電顕による1分子構造解析に基づいた蛋白質構造の連続的なダイナミクスの解析
- 2020 - 2026 3D ドメインスワッピングを利用したタンパク質の自在配列と機能化
- 2021 - 2024 チトクロム C オキシダーゼを標的としたミトコンドリア病の新規治療薬開発
- 2022 - 2023 加齢ミトコンドリアDNA説における金属タンパク質動態に関する理論的研究
- 2020 - 2022 生命金属動体解明のための量子生体エネルギー論
- 2019 - 2021 生体ハイドロジェノミクスの理論解析
- 2018 - 2021 立体構造を基盤とする中分子創薬の合理的設計
- 2015 - 2019 国際連携による高次複合光応答系の高度化とネットワーク形成
- 2014 - 2019 分子シミュレーションによる生体活性サイトの構造・機能相関の解明とデザイン
- 2014 - 2019 理論と実験の協奏的アプローチによる複合スピン励起子変換制御
- 2014 - 2019 高次複合光応答分子システムの開拓と学理の構築
- 2014 - 2019 ナイロン加水分解酵素の分子設計と産業応用への基盤研究
- 2016 - 2019 ポスト「京」重点課題 (7)「次世代の産業を支える新機能デバイス・高性能材料 の創成」サブ課題A 「高機能半導体デバイス」
- 2015 - 2018 機能性可視化剤としての柔軟な発光分子の開発とマテリアルイメージング技術の確立
- 2015 - 2017 メゾスケール空間内移動速度論創成のための挑戦的研究
- 2014 - 2015 キュミュラント粗視化動力学によるタンパク質動的秩序形成過程の理論研究
- 2013 - 2015 Siナノドットの非線形光学特性変化に対する動力学的解析
- 2010 - 2015 ナノ構造形成・新機能発現における電子論ダイナミクス
- 2010 - 2014 ナイロンオリゴマー分解酵素(NylABC)の分子設計と物質生産への応用
- 2010 - 2014 タンパク内で起こる協同的プロトン・電子移動反応の量子論的解析
- 2011 - 2012 第一原理計算による生体内酵素反応の理論解析
- 2008 - 2009 電子ダイナミクスによる電子集団運動の解析
- 2008 - 2009 プロトン結合電子移動反応の実時間解析:量子キュミュラント動力学法
- 2007 - 2008 量子ハイブリッド分子動力学法による生体機能の量子デザイン
- 2007 - 2008 電子ダイナミクスに基づく生体分子触媒反応のシミュレーション
- 2006 - 2007 タンパク質超分子中のプロトン移動機構の電子レベルでの解明
- 2001 - 2003 凝縮相および生体内における電子・水素移動の協同現象に対する理論的研究
- 1999 - 2000 電子-核密度汎関数理論の構築と量子ダイナミクスへの展開
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