- 2020 - 2025 防災・災害復興に向けた地図・絵図資料の歴史GISデータ化
- 2019 - 2022 中世後期から近世初頭における武家拠点形成の研究
- 2013 - 2018 中世・近世移行期における守護所・城下町の総合的研究
- 2015 - 2017 地中探査による豊臣期大坂城本丸地区の解明
- 2013 - 2016 都市周縁の歴史と現在-比較研究 日本・韓国・フランス-
- 2012 - 2014 文理融合による大阪城中心域の研究
- 2009 - 2011 惣構の理論的・実践的検討-近世城下町像の再構築と「町づくり」への活用-
- 2008 - 2011 日本中世における「山の寺」(山岳宗教都市)の基礎的研究
- 2008 - 2010 中・近世ベトナムにおける権力拠点の空間的構成
- 2007 - 2009 中世山岳寺院を「中世都市」として分析するための基礎研究 -越前国平泉寺を素材に-
- 2007 - 2008 中世山岳寺院を「中世都市」として分析するための基礎研究-越前国平泉寺を素材に-
- 2005 - 2008 近世巨大都市大坂の形成と変容に関する基盤的研究-法と現実、中心と周縁の視点から-
- 2007 - 2007 中世考古学のための日本中世・近世初期の文献研究
- 2005 - 2007 港湾をともなう守護所・戦国期城下町の総合的研究-北陸を中心に-
- 2003 - 2006 中世考古学のための日本中世・近世初期の文献研究
- 2003 - 2006 中・近世における都市空間の景観復原に関する学際的アプローチ
- 2002 - 2004 平安京-京都の都市図・都市構造に関する比較統合研究とデジタルデータベースの構築
- 2000 - 2003 戦国期印章・印判状に関する総合的研究
- 2001 - 2002 京郊中世村落の歴史的環境復原のための総合的研究 -山城国乙訓郡大藪村(京都市南区)を中心に-
- 1998 - 1999 戦国時代摂津・河内の都市に関する基礎的研究
- 1998 - 1999 文禄・慶長の役における日本軍の戦争行為の再検討
- 1992 - 1992 日本中世都市の構造・展開と寺社
- 1991 - 1992 中世・近世畿内における寺社文書の研究
- 1990 - 1990 日本中近世移行期における都市社会の変容
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