- 2017 - 日本昆虫学会 2016年度論文賞 Hashimoto, K., Suzuki, K. and Hayashi, F. (2016) Unique set of copulatory organs in mantises: concealed female genital opening and extremely asymmetric male genitalia. Entomological Science 19: 383-390.
- 2016 - 日本哺乳類学会 2016年度大会ポスター賞(優秀ポスター賞) 伊藤睦実,田村典子,林 文男(2016)葉の成分に応じてムササビは食べる樹種を選択するか.
- 2015 - 日本昆虫学会 2014年度論文賞 Hashimoto, K. Hayashi, F. (2014) Cantharidin world in nature: a concealed arthropod assemblage with interactions via the terpenoid cantharidin. Entomological Science 17: 388-395.
- 2014 - 日本生態学会 第61回大会ポスター賞(優秀賞) 伊藤睦美,林 文男,Nickie Seto,Brianna Rico,田村典子.クヌギの葉に丸く穴をあけて食べるムササビの採食様式.
- 2014 - 日本生態学会 第61回大会ポスター賞(最優秀賞) 橋本晃生,菅原弘貴,林 文男.カミキリモドキ類のメスが有する“精包破壊装置”:その構造と起源.
- 2011 - 日本生態学会 第58回大会ポスター賞(最優秀賞) 武智玲奈, 林 文男.アカネズミのオニグルミ採食技術における社会的学習.
- 2009 - 日本生態学会 Ecological Research論文賞 Tamura, N. and Hayashi, F. Geographic variation in walnut seed size correlates with hoarding behaviour of two rodent species. Ecological Research 23: 607-614.
- 2008 - 日本宇宙生物科学会 第22回大会(優秀発表賞) 林 文男,岸本直子.昆虫類の羽化時の翅の伸展に及ぼす重力の影響.
- 2008 - 日本生態学会 第55回大会ポスター賞(優秀賞) 土屋香織,林 文男.カワトンボ類における精子の質に関する配偶者選択の可能性.
- 1997 - 日経サイエンス 創刊25周年記念論文賞佳作 林 文男.束になって泳ぐ精子.日経サイエンス、27 (7): 142-145.
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