- 2006 - 2009 選択的スプライシングを受けたタンパク質の立体構造モデリングによる機能解析
- 2003 - 2005 タンパク質のフォールディング過程のシミュレーション
- 2000 - 2005 ゲノム情報科学の新展開(総括班)
- 2004 - 2004 タンパク質の多様性獲得戦略の解明に基づいたゲノム情報の解読
- 2000 - 2004 タンパク質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析
- 2000 - 2002 タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価(調整班)
- 1999 - 2002 モジュール知識に基づくタンパク質機能予測法の開発
- 1999 - 2002 タンパク質の機能とモジュールシャッフリング
- 2000 - 2001 原子空間に着目する蛋白質研究の新展開
- 1999 - 1999 プロテオーム時代の計算情報生物学
- 1996 - 1999 生体金属による小分子の活性化
- 1995 - 1999 タンパク質立体構造の構築原理研究の総括
- 1996 - 1998 タンパク質モジュールとエクソンとの対応の普遍性
- 1997 - 1997 転写因子のモジュ-ル・ドメイン構成とシグナル認識
- 1996 - 1997 蛋白質集合体の対称性の起源と系譜-機能的要請か、系統性か
- 1996 - 1997 蛋白質の可溶化のためのデザイン手法の開発
- 1996 - 1996 転写因子のモジュ-ル・ドメイン構成とシグナル認識
- 1994 - 1996 進化分子工学に基づく生体高分子の設計
- 1995 - 1995 転写因子のモジュ-ル・ドメイン構成とシグナル認識
- 1994 - 1995 モジュ-ルの組み合わせによるタンパク質設計法の開発
- 1994 - 1995 タンパク質モジュ-ルの分類
- 1994 - 1994 タンパク質のモジュ-ルはなぜコンパクトか(その力学的安定性の要因)
- 1994 - 1994 転写因子のモジュ-ル・ドメイン構成とシグナル認識
- 1992 - 1994 DNAデ-タバンクの運営・拡充に関する研究調査
- 1993 - 1993 リゾチ-ムの部品モジュ-ルの力学的安定性と柔らかさ
- 1992 - 1992 転写装置の分子解剖推進のための調査研究
- 1992 - 1992 蛋白質/DNA複合体の構造
- 1991 - 1991 蛋白質のモジュ-ル内及びモジュ-ル間相互作用と立体構造
- 1991 - 1991 進化的分子工学に基づく生体高分子の設計
- 1991 - 1991 蛋白質/DNA複合体の構造
- 1990 - 1991 タンパク質設計におけるモジュ-ル構造の役割
- 1990 - 1990 RNAの酵素活性とイントロンの起源
- 1990 - 1990 チトクロ-ムPー450の水素結合ネットワ-クと機能発現
- 1989 - 1989 チトクロ-ムP-450の立体構造と機能発現
- 1988 - 1989 タンパク質を構成するモジュ-ルの構造と機能
- 1987 - 1987 蛋白質分子の立体構造形成と機能発現のメカニズム
- 1987 - 1987 タンパク質のモジュール構造の自動的同定と視覚化
- 1986 - 1986 蛋白質分子の立体構造形成と機能発現
- ゲノムの未知機能の予測、タンパク質の高次構造形成やリガンドとの相互作用のモデリングなど。
- ゲノム機能予測法の改良、予測したゲノム機能の実験的検証、選択的スプライシングの意義の解明、細胞内の分子間ネットワークの解明、タンパク質と各種リガンドとの相互作用のシミュレーションによるゲノム創薬など、高次生命情報学を展開している。これにより、生物が40億年の進化を遂げた要因の理解とともに、バイオ技術が人々に幸せをもたらすよう、長浜バイオ大学の立地的優位性を活かした産学官民の連携を進めていきたい。
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