- 2023 - 2027 生態系における「病原体循環」の理論・実証・応用
- 2020 - 2023 淡水魚類の保全ゲノミクス:自然史と危機診断を結ぶ枠組みの構築
- 2019 - 2023 生物群集が創発する寄生者制御:宿主多様性による感染動態安定化機構の理論と実証
- 2018 - 2023 東アジアの古代湖「琵琶湖」の固有種成立過程の解明のための総合的研究
- 2017 - 2020 古代湖・琵琶湖における湖沼適応の起源と集団ゲノミクス
- 2015 - 2018 複合生態系における寄生者感染動態と群集動態の関係の統合理解
- 2014 - 2017 ミャンマーの古代湖・インレー湖における固有魚類の現状,起源,および保全
- 2014 - 2017 温帯古代湖・琵琶湖の魚類群集における湖沼適応の実態と遺伝基盤の解明
- 2014 - 2017 国内および東アジアからの淡水魚の移入による影響実態と在来遺伝子資源の保全及び復元
- 2009 - 2011 大規模遺伝子データセットに基づく西日本の淡水魚類相形成史の総合的解明
- 2008 - 2010 ヘルパー型共同繁殖や一妻多夫魚類の繁殖戦術に関する水槽での行動観察及び実験
- 2007 - 2009 東ユーラシアにおける淡水魚類の生物多様性起源:分化と分散の多層的アプローチ
- 2006 - 2008 淡水魚類の遺伝的多様性および系統地理パターンの解明とデータベース構築
- 2005 - 2007 脊椎動物の共同繁殖モデルシステムとしてのタンガニイカ湖魚類の繁殖生態の解明
- 2002 - 2007 水生動物における左右性の動態と分子機構
- 2004 - 2006 脊椎動物の共同繁殖モデルシステムとしてのカワスズメ科魚類4種の繁殖戦術の解明
- 2003 - 2005 極東アジアにおける淡水魚類の生物多様性とその起源
- 2001 - 2002 中国南部に分布する洞窟棲淡水魚類の分子系統と適応進化
- 1998 - 1999 分子マーカーを用いたネコギギ(ナマズ目)のメタ個体群構造とその動態に関する研究
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