- 2023 - 2028 日本列島域における先史人類史の総合的復元方法の研究
- 2023 - 2027 ホモ・サピエンスの卓越した狩猟技術の東ユーラシアへの波及と人口増加
- 2022 - 2026 縄文時代中期から後・晩期への社会変動に関する考古学とDNA分析の共同研究
- 2022 - 2025 考古学と人類学のコラボレーションによる縄文社会復元の実践的研究
- 2022 - 2025 考古学と人類学のコラボレーションによる縄文社会復元の実践的研究
- 2021 - 2025 縄文人iPS細胞の構築とその応用に向けた研究
- 2021 - 2024 生物学教育における自然人類学の新しい展開と科目間連携の探索
- 2021 - 2024 南東アラビア山麓峡谷における千年持続可能な社会基盤の歴史生態学的探究
- 2021 - 2023 糞石ゲノム解析による摂食物同定法の確立
- 2021 - 2023 糞石ゲノム解析による縄文人の栄養・衛生・健康状態のマルチプロファイリング
- 2021 - 2023 縄文人とデニソヴァ人のゲノム配列を用いたヤポネシア人形成史の研究
- 2020 - 2023 古代プロテオミクスの基盤・拠点整備のための海外共同研究
- 2020 - 2023 人骨から読み解く日本列島人の食生活-食物の変遷と多様性の復元-
- 2019 - 2022 メラトニン受容体の遺伝子多型と夜勤時の光の生体影響
- 2018 - 2022 縄文時代の氏族制社会の成立に関する考古学と集団遺伝学の共同研究
- 2018 - 2022 考古学・人類学・文化財科学の学際的研究による縄文社会論の再構築
- 2017 - 2021 現代人の生理機能とゲノム解析から探る寒冷適応能と免疫機能の共進化
- 2016 - 2021 人種化のプロセスとメカニズムに関する複合的研究
- 2019 - 2021 澎湖水道出土古人骨の全ゲノム解析
- 2019 - 2021 狩猟採集から農耕への移行と集団多様性の変化に関するゲノム研究
- 2017 - 2020 先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析
- 2017 - 2019 タイ北部少数民族に見る生業形態と文化・行動様式の集団遺伝学
- 2015 - 2018 霊長類感覚多重遺伝子族の大規模集団解析による嗅覚・味覚・色覚の総体的進化像の解明
- 2013 - 2018 ゲノム情報・生理的多型性・行動からみた光環境における遺伝的及び可塑的適応性の評価
- 2014 - 2017 日本人の寒冷適応能を構成する遺伝的要因と生理的要因の検証
- 2013 - 2016 愛知県保美貝塚出土資料による考古学・人類学のコラボレーションモデルの構築と展開
- 2010 - 2016 人種表象の日本型グローバル研究
- 2013 - 2016 ヒトを含む類人猿の性的二型とその多様性を制御する分子機構の解明に向けて
- 2013 - 2015 古人骨DNA分析による縄文-弥生混血の検証
- 2012 - 2015 確率分割による個人ゲノム漏洩におけるリスク評価と秘匿の方法の確立
- 2012 - 2015 琉球諸島と北部九州のヒト集団比較ゲノム解析~日本人の形成と環境適応の解明に向けて
- 2011 - 2014 現代日本人の生理的多型を構成する遺伝要因の検証
- 2010 - 2014 霊長類の自然集団に注目した感覚関連遺伝子の多様性の探索と適応進化の検証
- 2011 - 2014 次世代シークエンサーによる縄文および弥生時代人骨のゲノム解析
- 2009 - 2012 琉球諸島ヒト集団の網羅的ゲノム多様性解析~系統・形態・環境適応の解明に向けて~
- 2010 - 2012 日本列島の南と北でヒト集団の生活誌と系統の多様性を探る
- 2010 - 2012 考古学と人類学のコラボレーションによる縄文社会の総合的研究
- 2009 - 2011 メダカを用いたヒト遺伝的多型の生体機能解析実験系の構築
- 2006 - 2010 古代中国人類集団の遺伝的多様性とその変遷ならびに生活史の解明
- 2007 - 2009 ゲノム情報を活用した人類学研究の新ストラテジー構築
- 2007 - 2009 野生新世界ザルをモデルとした霊長類色覚進化の適応的意義の検証
- 2006 - 2006 ネグリトの起源と適応に関する分子人類学的研究
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