- 2022 - 2029 植物生殖の鍵分子ネットワーク
- 2023 - 2027 作物改良を駆動力に作物×微生物叢ホロビオントを機能向上させる新たな育種法の開発
- 2022 - 2025 強化学習に基づく「先読み」を用いた小規模・高効率ゲノミック選抜法の開発と実装
- 2020 - 2025 作物科学研究へのパラダイムシフトを誘起するカキ属植物の研究加速化のための基盤形成
- 2021 - 2024 コロナ時代の新たな都市農業:ICTが拓く可能性とその社会インパクト
- 2019 - 2022 イネの野外ビッグデータを用いた「人工知能」による育種プラットフォームの開発
- 2020 - 2022 作物と微生物叢を同時改良するホロゲノム選抜法の開発
- 2016 - 2021 植物環境応答のモデル化に基づく発展型ゲノミックセレクションシステムの開発
- 2016 - 2019 遺伝資源から有用遺伝変異を高効率に発見するための新しい方法論の開発
- 2015 - 2017 ダイズの耐湿性に関与する根形質の網羅的評価とゲノムワイド・アソシエーション解析
- 2013 - 2016 環境適応型品種をデザインするための統合的モデル化手法の開発
- 2013 - 2016 GWASを用いた野生イネの生育、代謝形質と遺伝変異の相関解析
- 2013 - 2016 北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構
- 2013 - 2016 高ヘテロ植物集団を活用した高速育種の実証研究
- 2010 - 2012 ゲノミックセレクションを活用した革新的作物育種システムの構築
- 2008 - 2012 スギ雄花着花量を制御する遺伝子の解明
- 2007 - 2009 作物生育モデルと遺伝モデルの連携による作物環境応答の生態遺伝的メカニズムの解明
- 2006 - 2009 フタバガキ科の系統地理学的研究と産地識別のための塩基配列データベースの構築
- 2004 - 2007 他殖性ならびに自殖性植物集団における適応性関連遺伝子の挙動解析
- 2004 - 2006 分散する不斉一な育種栽培試験データのグリッド技術による仮想統合・利用環境の創出
- 2003 - 2004 作物の形を支配する遺伝子解明のための新しいQTL解析理論の構築
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