岡崎圭一

Okazaki Kei-ichi

所属機関・部署：
職名：准教授
その他の所属（所属・部署名・職名） (1件)：

ホームページURL (2件)： https://sites.google.com/view/okazakigroup/home , https://sites.google.com/view/okazakigroup-en/home

研究分野 (2件)：生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 , 生物物理学

研究キーワード (4件)：分子シミュレーション , 生体分子マシン , 計算分子科学 , 理論生物物理学

競争的資金等の研究課題 (5件)：

論文 (35件)：

Jun Ohnuki, Kei-ichi Okazaki. Integration of AlphaFold with Molecular Dynamics for Efficient Conformational Sampling of Transporter Protein NarK. The Journal of Physical Chemistry B. 2024
Kazushi Okada, Takuma Kikutsuji, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi. Unveiling interatomic distances influencing the reaction coordinates in alanine dipeptide isomerization: An explainable deep learning approach. The Journal of Chemical Physics. 2024
Tomoki Matsuda, Shinya Sakai, Kei-ichi Okazaki, Takeharu Nagai. Improvement of the Green-Red Förster Resonance Energy Transfer-Based Ca2+ Indicator by Using the Green Fluorescent Protein, Gamillus, with a Trans Chromophore as the Donor. ACS Sensors. 2024
Jun Ohnuki, Titouan Jaunet-Lahary, Atsuko Yamashita, Kei-ichi Okazaki. Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Uncover a Missing Conformational State of Transporter Protein OxlT. The Journal of Physical Chemistry Letters. 2024
Jun Ohnuki, Titouan Jaunet-Lahary, Atsuko Yamashita, Kei-ichi Okazaki. Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Uncover a Missing Conformational State of Transporter Protein OxlT. 2023

MISC (24件)：

岡崎圭一. 自然科学研究機構分子科学研究所岡崎研究室. アンサンブル : 分子シミュレーション研究会会誌. 2024. 26. 2. 233-237
山下敦子, 岡崎圭一. 腸内シュウ酸分解菌で働くシュウ酸輸送体の分子メカニズム-Mechanism of Oxalate Transporter in an Oxalate-Degrading Bacterium in the Gut Microbiota. 生物物理 / 日本生物物理学会編. 2024. 64. 1. 25-27
岡崎圭一. 生体分子マシンにおける構造遷移ダイナミクスの解明と機能制御. アンサンブル. 2021. 23. 2. 127-132
Kei-ichi Okazaki, Mitsuhiro Sugawa, Gerhard Hummer. Conformational Transition from Catalytic Dwell to ATP-Binding Dwell in F-1-ATPase. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2017. 112. 3. 278A-278A
Kei-ichi Okazaki, Gerhard Hummer. Multiscale Analysis of Functional Motions in F1-ATPase: From Pi Release to Elasticity and Friction of gamma-Subunit Rotation. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2015. 108. 2. 209A-209A

講演・口頭発表等 (13件)：

タンパク質構造予測AI: AlphaFold のリバースエンジニアリングと分子シミュレーション
(2024年度第5回物性アプリオープンフォーラム,東京大学物性研究所 2024)
分子シミュレーションと反応速度論・マルコフモデル
(第18回分子シミュレーションスクール-基礎から応用まで- 2024)
分子シミュレーションとAlphaFoldの統合によるタンパク質構造変化ダイナミクスの解明
(物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の現在と未来」 2024)
Conformational dynamics of transporter proteins revealed by molecular simulation and AlphaFold2
(第61回日本生物物理学会年会 2023)
Molecular Simulation of functional motions in biomolecular machines
(The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023)

学歴 (3件)：

学位 (1件)：

経歴 (7件)：

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受賞 (1件)：

所属学会 (1件)：

日本生物物理学会

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