研究者
J-GLOBAL ID:201601012323729591
更新日: 2024年12月13日
山西 芳裕
ヤマニシ ヨシヒロ | Yamanishi Yoshihiro
所属機関・部署:
職名:
教授
ホームページURL (2件):
https://yamanishi.cs.i.nagoya-u.ac.jp/index_J.html
,
https://yamanishi.cs.i.nagoya-u.ac.jp/
研究分野 (3件):
生命、健康、医療情報学
, 統計科学
, 薬系化学、創薬科学
研究キーワード (12件):
バイオインフォマティクス
, ケモインフォマティクス
, システム生物学
, 機械学習
, 統計学
, 標的分子
, 代謝パスウェイ
, 遺伝子ネットワーク
, 化学反応
, カーネル法
, インシリコ創薬
, ドラッグリポジショニング
競争的資金等の研究課題 (17件):
- 2021 - 2026 医療ビッグデータから難治性疾患の創薬標的を予測する革新的AI手法の開発
- 2023 - 2025 純粋なトランスフォーマーを用いた敵対的生成ネットワークによる医薬分子構造生成
- 2021 - 2024 AIによるデータ駆動型ダイレクトリプログラミングの創生と腫瘍化リスクの回避
- 2020 - 2023 シナジー創薬学:情報・物質・生命の協奏による化合物相乗効果の統合理解と設計
- 2020 - 2023 シナジー創薬学:情報・物質・生命の協奏による化合物相乗効果の統合理解と設計
- 2020 - 2023 シナジー効果を有する化合物群のAI による探索と設計
- 2018 - 2023 創薬標的分子の確かしさを検証するツール物質の探索
- 2019 - 2022 変形性関節症における老化細胞エクソソームの解明と機械学習を利用した治療薬の探索
- 2018 - 2021 医薬ビッグデータ解析による革新的AI創薬手法の開発と難治性疾患治療薬の発見
- 2018 - 2020 低分子化合物による転写因子制御と細胞直接変換のためのインシリコ予測法の開発
- 2017 - 2019 位置非依存的な新しい分子コーディング法の開発とコンピュータ支援創薬への応用
- 2016 - 2019 漢方薬成分のインシリコ標的タンパク質探索による漢方薬リポジショニング
- 2015 - 2019 エコファーマによる高速かつ省エネ創薬を実現する情報技術の構築
- 2015 - 2016 データ駆動型ドラッグリポジショニングによる既存薬の抗がん作用の発見
- 2013 - 2015 オミックスデータから薬物の標的分子を網羅的に予測するための機械学習法の開発
- 2007 - 2007 ゲノム関連情報から生体分子ネットワークを予測するためのカーネル法の開発
- 2004 - 2004 複数の異なるゲノムデータに基づく生物学的機能予測
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論文 (115件):
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Hiromu Hayashi, Toshiyuki Ko, Zhehao Dai, Kanna Fujita, Seitaro Nomura, Hiroki Kiyoshima, Shinya Ishihara, Momoko Hamano, Issei Komuro, Yoshihiro Yamanishi. TRAITER: Transformer-guided diagnosis and prognosis of heart failure using cell nuclear morphology and DNA damage marker. Bioinformatics. 2024
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Akihiro Ezoe, Yuki Shimada, Ryusuke Sawada, Akihiro Douke, Tomokazu Shibata, Makoto Kadowaki, Yoshihiro Yamanishi. Pathway-based prediction of the therapeutic effects and mode of action of custom-made multiherbal medicines. Molecular Informatics. 2024
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Midori Iida, Yurika Kuniki, Kenta Yagi, Mitsuhiro Goda, Satoko Namba, Jun-ichi Takeshita, Ryusuke Sawada, Michio Iwata, Yoshito Zamami, Keisuke Ishizawa, et al. A network-based trans-omics approach for predicting synergistic drug combinations. Communications Medicine. 2024. 4. 1
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Nanako Inoue, Tomokazu Shibata, Yusuke Tanaka, Hiromu Taguchi, Ryusuke Sawada, Kenshin Goto, Shogo Momokita, Morihiro Aoyagi, Takashi Hirao, Yoshihiro Yamanishi. Revealing Comprehensive Food Functionalities and Mechanisms of Action through Machine Learning. Journal of chemical information and modeling. 2024
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Ryusuke Sawada, Yuko Sakajiri, Tomokazu Shibata, Yoshihiro Yamanishi. Predicting therapeutic and side effects from drug binding affinities to human proteome structures. iScience. 2024. 27. 6. 110032-110032
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MISC (179件):
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難波 里子, 岩田 通夫, 山西 芳裕. 【ポストGWAS時代の遺伝統計学 オミクス解析と機械学習でヒト疾患を俯瞰する】(第5章)人工知能技術のゲノミクス応用研究 遺伝子摂動応答オミクスデータを用いた治療標的予測 疾患横断解析によるターゲットリポジショニング. 実験医学. 2023. 41. 7. 1193-1199
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山本 真, 菅 泰彦, 武田 吉人, 中坪 大亮, 榎本 貴俊, 吉村 華子, 網屋 沙織, 原 伶奈, 川崎 貴裕, 白山 敬之, et al. 肺癌 効果予測因子 血清エクソソームの最新プロテオミクスによる小細胞肺癌の新規バイオマーカーの探索. 日本呼吸器学会誌. 2023. 12. 増刊. 194-194
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戴 哲皓, 候 聡志, 野村 征太郎, 藤田 寛奈, 濱野 桃子, 山西 芳裕, 尾上 健児, 小室 一成. 心筋組織におけるDNA損傷は原疾患によらず左室駆出率の低下した心不全の治療反応及び予後を予測する. 日本内科学会雑誌. 2023. 112. 臨増. 144-144
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濱野桃子, 中村透, 岩田通夫, 江口凌平, 竹下潤一, 山西芳裕. ダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物組み合わせのin silico予測. 日本再生医療学会総会(Web). 2023. 22nd
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山西 芳裕. 最先端の研究技術を基盤とした心脈管作動物質研究の未来 AIが拓く創薬と医療 循環器疾患への応用に向けて. 血管. 2023. 46. 1. 36-36
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書籍 (1件):
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Chemoinformatics and Advanced Machine Learning Perspectives
IGI Global 2010
学位 (1件):
経歴 (9件):
- 2023/04 - 現在 名古屋大学 大学院情報学研究科 複雑系科学専攻 生命情報論講座 教授
- 2018/06 - 2023/03 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系 教授
- 2015/10 - 2019/03 科学技術振興機構 さきがけ研究者(兼任)
- 2012/03 - 2018/05 九州大学 生体防御医学研究所・高等研究院 准教授
- 2008/01 - 2012/02 キュリー研究所 バイオインフォマティクスユニット 常勤研究員(Principal Investigator)
- 2008/01 - 2012/02 パリ国立高等鉱業学校 バイオインフォマティクスセンター 常勤研究員(Principal Investigator)
- 2006/04 - 2007/12 京都大学 化学研究所 助手・助教
- 2005/04 - 2006/03 パリ国立高等鉱業学校 バイオインフォマティクスセンター ポスドク
- 2004/04 - 2005/03 日本学術振興会 特別研究員(DC2)
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委員歴 (14件):
- 2024/02 - 現在 Artificial Intelligence in the Life Sciences 編集委員
- 2024/01 - 現在 国際計算生物学会 International Society for Computational Biology (ISCB) 理事
- 2023/04 - 現在 日本バイオインフォマティクス学会 会長
- 2018 - 現在 日本メディカルAI学会 評議員
- 2018 - 現在 日本バイオインフォマティクス学会 幹事
- 2017 - 現在 Molecular Informatics 編集委員
- 2016 - 現在 Genes & Genetic Systems 編集委員
- 2013 - 現在 PLoS ONE 編集委員
- 2023/08 - 2026/07 Bioinformatics Advances 編集委員
- 2019/04 - 2025/03 日本バイオインフォマティクス学会 理事
- 2021/04 - 2023/03 日本バイオインフォマティクス学会 副会長
- 2018/04 - 2023/03 日本化学会ケモインフォマティクス部会 幹事
- 2014/12 - 2018/08 BioMed International 編集委員
- 2016 - 2018 日本バイオインフォマティクス学会 理事
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受賞 (3件):
- 2021/07 - 日本毒性学会 「田邊賞」
- 2014/04 - 文部科学大臣表彰「若手科学者賞」
- 2003/12 - 京都大学化学研究所「所長賞」奨励賞
所属学会 (7件):
日本毒性学会
, International Society for Computational Biology (ISCB)
, 日本メディカルAI学会
, 日本計算機統計学会
, 情報計算化学生物学会
, 日本バイオインフォマティクス学会
, 日本化学会ケモインフォマティクス部会
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