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- 2017 - 2021 非光合成生物の光適応進化の全容解明
- 2016 - 2019 渦鞭毛藻細胞内に発見された新たな共生体痕跡核ゲノムの解読
- 2016 - 2018 水圏微生物による光毒素クロロフィルの無毒化メカニズムの究明
- 2015 - 2018 新型分割イントロンのスプライシング機構と進化多様性の解明
- 2014 - 2017 非光合成葉緑体の進化と機能多様性探索~比較ゲノムとプロテオームから
- 2014 - 2016 ゲノムワイド解析で解き明かす浅海性魚類の系統地理仮説-大東諸島回廊仮説の検証
- 2007 - 2008 脳血管路形成に関する極性と方向の制御機構の解明
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