- 2023 - 2028 生物考古学創生:分野横断的手法から探る近世大坂の都市住民のライフヒストリーの構築
- 2023 - 2028 古代アンデスのワリ帝国の社会構成と地方社会の実態
- 2020 - 2025 パレオゲノミクス解析プラットフォーム開発とその応用
- 2024 - 2024 先史アンデス海岸地域におけるジャガイモ利用-歯石DNAと安定同位体を用いた農耕・漁労複合の検証-
- 2021 - 2024 元素・DNA分析による土坑用途の研究-考古学・人類学・民俗学と自然科学の融合-
- 2021 - 2023 糞石ゲノム解析による縄文人の栄養・衛生・健康状態のマルチプロファイリング
- 2020 - 2023 古代プロテオミクスの基盤・拠点整備のための海外共同研究
- 2020 - 2023 古代土壌DNAを用いた遺跡の居住環境の復元
- 2020 - 2023 人骨から読み解く日本列島人の食生活-食物の変遷と多様性の復元-
- 2019 - 2023 多面的新手法による中近世日本人のライフヒストリーの復元:生物考古学の新展開を探る
- 2019 - 2023 南米アンデスの初期帝国ワリの成立と地方支配に関する研究
- 2019 - 2022 古人骨のプロテオミクス・ホルモン分析による妊娠マーカー検出法の開発
- 2018 - 2021 歯石DNAを用いた江戸時代の食物解析ー武士・町人・農民の食生活ー
- 2017 - 2019 土壌・歯石の植物DNAを用いた古代人の植物利用状況の復元法の開発
- 2016 - 2017 歯石に含まれる植物DNAを用いた江戸庶民の食物解析
- 2013 - 2014 古人骨におけるプロテオミクス解析
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