研究者
J-GLOBAL ID:201801002827589633   更新日: 2024年11月14日

小井土 大

コイド マサル | Koido Masaru
所属機関・部署:
職名: 助教
その他の所属(所属・部署名・職名) (1件):
  • 理化学研究所 生命医科学研究センター ゲノム解析応用研究チーム  客員研究員
研究分野 (3件): ゲノム生物学 ,  遺伝学 ,  細胞生物学
研究キーワード (4件): ゲノミクス ,  分子細胞生物学 ,  機械学習 ,  遺伝統計学
競争的資金等の研究課題 (7件):
  • 2024 - 2027 少数遺伝子から全転写制御を予測する機械学習法
  • 2023 - 2026 DNA配列機械学習モデルの予測根拠に基づく非翻訳RNAの発現特異性の解明
  • 2022 - 2025 雌雄配偶子形成における核輸送分子の新機能探索と不妊症発症機序解明
  • 2020 - 2024 エンハンサーの遺伝的発現制御の解明による免疫疾患解析
  • 2020 - 2023 多因子疾患のエピスタシス効果を同定するためのゲノム配列の深層学習戦略
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論文 (46件):
  • Satoshi Koyama, Xiaoxi Liu, Yoshinao Koike, Keiko Hikino, Masaru Koido, Wei Li, Kotaro Akaki, Kohei Tomizuka, Shuji Ito, Nao Otomo, et al. Population-specific putative causal variants shape quantitative traits. Nature genetics. 2024
  • Masaru Koido, Kohei Tomizuka, Chikashi Terao. Fundamentals for predicting transcriptional regulations from DNA sequence patterns. Journal of Human Genetics. 2024
  • Alfred Pozarickij, Wei Gan, Kuang Lin, Robert Clarke, Zammy Fairhurst-Hunter, Masaru Koido, Masahiro Kanai, Yukinori Okada, Yoichiro Kamatani, Derrick Bennett, et al. Causal relevance of different blood pressure traits on risk of cardiovascular diseases: GWAS and Mendelian randomisation in 100,000 Chinese adults. Nature Communications. 2024. 15. 1
  • Akiko Oguchi, Akari Suzuki, Shuichiro Komatsu, Hiroyuki Yoshitomi, Shruti Bhagat, Raku Son, Raoul Jean Pierre Bonnal, Shohei Kojima, Masaru Koido, Kazuhiro Takeuchi, et al. An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases. Science (New York, N.Y.). 2024. 385. 6704. eadd8394
  • Keiko Hikino, Satoshi Koyama, Kaoru Ito, Yoshinao Koike, Masaru Koido, Takayoshi Matsumura, Ryo Kurosawa, Kohei Tomizuka, Shuji Ito, Xiaoxi Liu, et al. RNF213 Variants, Vasospastic Angina, and Risk of Fatal Myocardial Infarction. JAMA cardiology. 2024
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MISC (28件):
  • Kohei Tomizuka, Masaru Koido, Akari Suzuki, Soichiro Yoshino, Nao Tanaka, Yuki Ishikawa, Xiaoxi Liu, Satoshi Koyama, Kazuyoshi Ishigaki, Yasuhiro Murakawa, et al. Predicted constrained accessible regions mark regulatory elements and causal variants. 2024
  • Norikazu Saiki, Yasunori Nio, Yosuke Yoneyama, Shuntaro Kawamura, Kentaro Iwasawa, Eri Kawakami, Kohei Araki, Junko Fukumura, Tsuyoshi Sakairi, Tamaki Kono, et al. Self-Organization of Sinusoidal Vessels in Pluripotent Stem Cell-derived Human Liver Bud Organoids. 2024
  • Stephanie Debette, Ilana Caro, Daniel Western, Shinichi Namba, Na Sun, Shuji Kawaguchi, Yunye He, Masashi Fujita, Gennady Roshchupkin, Tim D'Aoust, et al. Proteogenomics in cerebrospinal fluid and plasma reveals new biological fingerprint of cerebral small vessel disease. 2024
  • Naoki Kojima, Masaru Koido, Yunye He, Yuka Shimmori, Tsuyoshi Hachiya, Stéphanie Debette, Yoichiro Kamatani. Recurrent stroke prediction by applying a stroke polygenic risk score in the Japanese population. 2024
  • 小井土大. 薬剤性肝障害の遺伝要因のメカニズム解明:ポリジェニックリスクスコアの実験的活用. 生体の科学. 2023. 74. 5. 490-491
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講演・口頭発表等 (45件):
  • Genomic architecture of lowly expressed bidirectionally transcribed enhancers and their links to complex traits.
    (American Society of Human Genetics (ASHG) 2024 Annual Meeting 2024)
  • 200K transcribed enhancer atlas informs conserved regulatory elements and their links to complex traits
    (日本人類遺伝学会 第69回大会(大会賞候補セッション(ポスター)) 2024)
  • From GWAS to Biology: Polygenic Risk Scores and Machine Learning Approaches
    (The 25th International Symposium on Microsomes and Drug Oxidations 2024)
  • H&E染色画像から空間的遺伝子発現量を予測する深層学習法とその活用戦略
    (第51回日本毒性学会学術年会 2024)
  • DNA配列依存的な転写予測AIの開発と遺伝的リスク解明への応用
    (第31回HAB研究機構学術年会 2024)
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学歴 (2件):
  • 2011 - 2013 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻
  • 2007 - 2011 東京大学 工学部 マテリアル工学科
学位 (1件):
  • 博士(医科学) (授与機関東京大学)
経歴 (5件):
  • 2022/04 - 現在 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 助教
  • 2019/12 - 2022/03 東京大学医科学研究所 人癌病因遺伝子分野 特任助教
  • 2018/06 - 2019/12 理化学研究所 生命医科学研究センター 特別研究員
  • 2016/04 - 2018/05 横浜市立大学大学院 医学研究科 特任助手
  • 2013/04 - 2016/03 株式会社浜銀総合研究所 情報戦略コンサルティング部 研究員
受賞 (1件):
  • 2024/03 - 理化学研究所 第15回理研・技術奨励賞(桜舞賞) 機械学習によるゲノム配列からの非コードRNAの細胞特異的転写予測
所属学会 (5件):
日本人類遺伝学会 ,  International Stroke Genetics Consortium ,  米国人類遺伝学会 ,  日本がん分子標的治療学会 ,  日本癌学会
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