杉田有治

スギタユウジ | Sugita Yuji

所属機関・部署：
職名：主任研究員
その他の所属（所属・部署名・職名） (2件)：

ホームページURL (2件)： https://tms.riken.jp/ , https://tms.riken.jp/en/

研究分野 (3件)：基礎物理化学 , 計算科学 , 生物物理学

研究キーワード (4件)：イオンポンプ , 細胞内分子ダイナミクス , 効率の良い構造探索手法 , 分子動力学シミュレーション

競争的資金等の研究課題 (24件)：

2015 - 2019 動的構造生命科学研究領域における海外ネットワーク形成を目指した支援活動

2014 - 2019 動的構造生命科学を拓く新発想測定技術-タンパク質が動作する姿を活写する-

2014 - 2019 マルチレゾリューション法を用いたタンパク質複合体の高解像度動的解析

2014 - 2019 一酸化窒素の生体内動態の分子科学

2013 - 2017 体積変化の計算化学が解明する高圧生体分子反応

2013 - 2017 分岐型糖鎖における分枝構造の非対称性の解析とその構造基盤

2013 - 2016 糖鎖立体構造の網羅的モデリングとデータベース開発

2013 - 2014 タンパク質・糖鎖の低親和性複合体構造の予測

2012 - 2014 タンパク質複合体形成の分子機構と自由エネルギー解析

2011 - 2012 膜タンパク質-脂質二重膜複合体の構造モデリング法の開発

2010 - 2011 タンパク質複合体形成のダイナミクスと分子認識機構の解明

2003 - 2008 分子シミュレーションによる膜タンパク質の構造変化と物質輸送機構の解明

2002 - 2006 P型イオンポンプによる能動輪送機構の構造的解明

2003 - 2004 巨大膜蛋白質・脂質二重膜複合体の高精度分子動力学計算システムの開発

2002 - 2002 拡張アンサンブル法に基づく蛋白質フォールディング機構解析法の確立

2001 - 2002 アミノ酸変異による蛋白質の機能と安定性変化の物理化学的解明

2001 - 2001 新拡張アンサンブル法による蛋白質フォールディング機構の自由エネルギー解析

2000 - 2000 レプリカ交換法による蛋白質立体構造予測法の開発

1999 - 1999 新しい高精度のモデル内殻ポテンシャルの開発とそれらの応用

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論文 (288件)：

Soundhararajan Gopi, Giovanni B Brandani, Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chenyang Gu, Azuki Mizutani, Hiroshi Ochiai, Yuji Sugita, Shoji Takada. In siliconanoscope to study the interplay of genome organization and transcription regulation. 2024
Yao-Kun Lei, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita. Efficient Training of Neural Network Potentials for Chemical and Enzymatic Reactions by Continual Learning. 2024
Ai Niitsu, Andrew R Thomson, Alistair J Scott, Jason T Sengel, Jaewoon Jung, Kozhinjampara R Mahendran, Mikiko Sodeoka, Hagan Bayley, Yuji Sugita, Derek N Woolfson, et al. De novo design of α-helical peptide channels with designer stoichiometry. 2024
Azuki Mizutani, Cheng Tan, Yuji Sugita, Shoji Takada. Heterogenous organization in condensates of multiple transcription factors in embryonic stem cells. 2024
Yao-Kun Lei, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita. Learning QM/MM potential using equivariant multiscale model. The Journal of Chemical Physics. 2024

MISC (95件)：

小林千草, 松永康佑, Jaewoon Jung, 杉田有治. 筋小胞体カルシウムポンプにおける構造変化と自由エネルギー解析. 生物物理. 2022. 62. 5. 298-300
Hisham M. Dokainish, Suyong Re, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Yuji Sugita. Unraveling SARS-CoV-2 spike protein activation pathway reveals unprecedented cryptic pockets. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2022. 121. 3. 457A-457A
尾嶋拓, 李秀栄, 新津藍, 杉田有治. 分子動力学ソフトウェアGENESISを用いたタンパク質-リガンド結合の自由エネルギー計算 (小特集生体系の分子シミュレーション). シミュレーション = Journal of the Japan Society for Simulation Technology. 2021. 40. 1. 22-28
安藤敏夫, 伊藤隆, 杉田有治, 南後恵理子, 安永卓生, 岡田康志, 神田元紀. 生物物理学を牽引する新技術. 生物物理. 2021. 61. 2. 111-118
森貴治, 的場一晃, 野田展生, 杉田有治, 杉田有治, 杉田有治. オートファゴソーム形成に関与する膜タンパク質Atg9の膜中配向予測. 分子シミュレーション討論会講演要旨集. 2020. 34th (CD-ROM)

書籍 (1件)：

学歴 (2件)：

学位 (1件)：

経歴 (5件)：

所属学会 (6件)：

米国生物物理学会 , 米国化学会 , 日本蛋白質科学会 , 日本物理学会 , 分子シミュレーション研究会 , 日本生物物理学会

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杉田 有治