- 2014 - 2019 マルチアーカイヴァル的手法による在外日本関係史料の調査と研究資源化の研究
- 2015 - 2018 開港前・後の問屋仲間と藩専売
- 2013 - 2017 東インド会社解散と出島商館の変容:史料構造からみる近世日蘭関係史料の研究
- 2011 - 2015 ロシア・中国を中心とする在外日本関係史料の調査・分析と研究資源化の研究
- 2010 - 2014 宗家文書を素材とした分散所在大名家史料群の総合的研究
- 2009 - 2014 ユーラシアの近代と新しい世界史叙述
- 2008 - 2013 史料デジタル収集の体系化に基づく歴史オントロジー構築の研究
- 2008 - 2011 江川代官所文書の総合的研究
- 2007 - 2010 近世日蘭関係史料の相関的研究
- 2007 - 2010 東アジアの国際環境と中国・ロシア所在日本関係史料の総合的研究
- 2006 - 2009 17-20世紀の東アジアにおける「外国人」の法的地位に関する総合的研究
- 2006 - 2009 江戸幕府・朝廷・諸藩の編年史・編纂史料集の史料学的研究
- 2006 - 2008 近世後期における地域ネットワークの形成と展開 日田広瀬家を中心に
- 2005 - 2008 17-18世紀アジア諸地域の港町における異文化交流の諸相の比較研究
- 2005 - 2008 日本前近代史料の国際的利用環境構築の研究
- 2003 - 2006 歴史情報資源活用システムと国際的アーカイブズネットワークの基盤構築に向けての研究
- 2003 - 2005 不平等条約体制下,東アジアにおける外国人の法的地位に関する事例研究
- 2002 - 2003 内務省地理局における地図蓄積=管理構造の復原的研究
- 2000 - 2001 『ティチング私信集』に見る18世紀日蘭相互理解の研究
- 1999 - 2000 19世紀列強の陸・海軍省文書を中心とした在外日本関係史料の調査研究
- 1998 - 2000 欧米史料による下関戦争の総合的研究
- 1996 - 1998 WWWサーバによる日本史データベースのマルチメディア化と公開に関する研究
- 1997 - 1997 島津家本『琉球外国関係文書』の分析とそのハイパーテキスト化の研究
- 1995 - 1997 幕末維新摺物(いわるゆ瓦版)総合編年目録作成のための基礎的研究
- 1995 - 1997 日本中近世における社会情報と政治文化についての研究-絵図史料を中心として-
- 1994 - 1997 日本中世古文書フルテキストデータベースの構築方法に関する研究
- 1996 - 1996 島津家本『琉球外国関係文書』の分析とそのハイパーテキスト化の研究
- 1995 - 1995 幕末維新期における琉球をめぐる国際情勢の研究
- 1993 - 1995 歴史情報データベース統合システム構築の研究
- 1994 - 1994 欧米外交文書による対琉球条約の分析
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