- 2023 - 2027 生態系レジームシフト検知のための微視的特徴づけに基づく早期診断法の構築
- 2022 - 2026 氷河・積雪生態系における雪氷藻類へのツボカビ感染症の動態解明
- 2021 - 2024 森林土壌微生物群集の機能と環境応答の広域スケール評価と空間スケール依存性の解明
- 2019 - 2024 凝集体生命圏:海洋炭素循環の未知制御機構の解明
- 2019 - 2024 地球レベルの基礎生産を担う珪藻の「ウイルス感染死を介した」ブルーム維持戦略の解明
- 2019 - 2022 湖沼深水層に卓越する微生物の世界
- 2019 - 2022 疫学パラメータの個体間差異が感染症拡大と生態系全体へ及ぼす影響の解明
- 2018 - 2019 機能多様性時系列データによる全生物群集ネットワーク評価~川と湖の保全を目指して
- 2012 - 2016 亜熱帯湖沼のメタン栄養食物網と炭素リサイクル機能の評価
- 2009 - 2011 超並列シーケンサが描く未知の海洋微生物圏多様性とダイナミクス
- 2006 - 2008 物質循環と生物多様性の共役的発展を駆動する生物種間相互作用の進化的変化
- 2003 - 2005 生態系機能に与える時間的変動性と空間的不均一性の影響
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