渡邉千鶴

ワタナベチヅル | Watanabe Chiduru

所属機関・部署：
職名：研究員
ホームページURL (2件)： https://www.bdr.riken.jp/ja/research/labs/honma-t/ , https://www.bdr.riken.jp/en/research/labs/honma-t/

研究分野 (4件)：薬系化学、創薬科学 , 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 , 基礎物理化学 , 計算科学

研究キーワード (7件)： FMODB , インシリコ創薬 , パイエルス転移 , 量子構造生物学 , BioStation , ABINIT-MP , フラグメント分子軌道法

競争的資金等の研究課題 (3件)：

2023 - 2026 FMOデータベースを用いた抗原-抗体のPPI相互作用エネルギー予測モデルの構築
2018 - 2022 量子構造生物学におけるプロトン:相乗的効果と構造
2018 - 2021 フラグメント分子軌道法による分子間相互作用データベース構築と創薬研究への普及

論文 (56件)：

Yuya Seki, Chiduru Watanabe, Norihiko Tani, Kikuko Kamisaka, Tatsuya Ohyama, Daisuke Takaya, Teruki Honma. Structural Stability and Binding Ability of SARS-CoV-2 Main Protease with GC376: A Stereoisomeric Covalent Ligand Analysis by FMO calculation. Chem-Bio Informatics Journal. 2024. 24. 13-24
Hirotomo Moriwaki, Yusuke Kawashima, Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma. FMOe: Preprocessing and visualizing package of the fragment molecular orbital method for Molecular Operating Environment and its applications in covalent ligand and metalloprotein analyses. ChemRxiv. 2024
Koichiro Kato, Ami Yamamoto, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa. Application of Model Core Potentials to Zn- and Mg-containing Metalloproteins in the Fragment Molecular Orbital Method. Chem-Bio Informatics Journal. 2023. 23. 14-25
Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma. Quantum Chemical Interaction Analysis between SARS-CoV-2 Main Protease and Ensitrelvir Compared with Its Initial Screening Hit. The Journal of Physical Chemistry Letters. 2023. 3609-3620
福澤薫, 渡邉千鶴, 加藤幸一郎. フラグメント分子軌道計算による構造解析. 日本結晶学会誌. 2023. 65. 1. 17-25

MISC (74件)：

渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 今井恭平, 滝本大地, 斎藤涼祐, 栗田典之, 岡山友樹, 宮嶋起徳, 吉本耀, et al. FMODBデータ収集:高分解能X線結晶構造データに対する量子化学計算. 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2022. 22nd (Web)
渡邉千鶴, 田中成典, 沖山佳生, 大山達也, 神坂紀久子, 幸瞳, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴. FMO法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ-阻害薬S-217622結合メカニズムの解明. 構造活性相関シンポジウム講演要旨集. 2022. 50th (CD-ROM)
海老原佳奈, 稲葉和恵, 千田美紀, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 安孫子ユミ, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建, et al. ネッタイシマカの脱皮ホルモン生合成制御因子Noppera-boに対する阻害剤の作用機序に関する構造生物学的研究. 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2022. 22nd (Web)
海老原佳奈, 稲葉和恵, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 安孫子ユミ, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建, 佐久間知佐子, et al. ネッタイシマカの脱皮ホルモン生合成経路を標的とした新規殺虫剤の研究. 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web). 2022. 2022
半田佑磨, 川嶋裕介, 古石誉之, 米持悦生, 伊藤拓宏, 斉藤大寛, 斉藤大寛, 岩崎信太朗, 岩崎信太朗, 加藤幸一郎, et al. eIF4A阻害剤のRNA配列特異性に対する動的FMO解析. 日本薬学会年会要旨集(Web). 2022. 142nd

Works (1件)：

FMODB
2019 - 現在

委員歴 (1件)：

2014/11 - 現在 FMO創薬コンソーシアム世話人

受賞 (3件)：

2022/10 - 中性子科学会波紋 President Choice (論文賞) タンパク質-リガンド間相互作用解析における水素原子構造の重要性~量子化学計算データに基づく精緻な論理創薬へ向けた取り組み~
2021/03 - 理化学研究所桜舞賞(研究奨励賞)
2011/11 - 情報計算科学生物学会(CBI学会) 2011年大会 CBI ポスター賞・the Best Poster New fragmentation of Fragment Molecular Orbital Method applicable to Fragment Based Drug Design

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