- 2023 - 2026 シダ植物・独立配偶体の日本国内における多様性とその起源の解明
- 2020 - 2023 劇的な染色体基本数変化に伴ったゲノムサイズ進化: シダ類での検証
- 2018 - 2023 シダ植物配偶体におけるAM菌共生関係の多様性と進化
- 2019 - 2022 シダ植物の独立配偶体のDNAバーコーディングを活用した探索とその成立要因の解明
- 2018 - 2022 GISを用いた植生管理と環境教育システムの開発による天然記念物の保護と活用
- 2017 - 2020 最古の菌根共生「ケカビ亜門共生系」はシダ植物にも存在するか?
- 2016 - 2019 次世代シーケンサーを用いた倍数性シダ類複合体の進化史解明
- 2016 - 2019 シダ植物の無配生殖種における網状進化とゲノム構成の進化的動態
- 2015 - 2019 低温依存的雑種形成が切り拓く植物多様性研究の新展開
- 2015 - 2019 オニヤブソテツ有性生殖型における高自殖性進化の集団ゲノミクス解析
- 2015 - 2018 日本のシダ植物相の生物学的ユニットに基づく再評価
- 2015 - 2018 原始的維管束植物「シダ植物」の配偶体の異時性進化と菌共生
- 2015 - 2018 チリの湿地性植物群の変遷史から読み解く南半球特異的植物相の成立過程
- 2013 - 2017 東アジア統合植物レッドリストの構築と日本における周縁集団の進化生物学的評価
- 2012 - 2017 知の循環型社会における対話型博物館生涯学習システムの構築に関する基礎的研究
- 2012 - 2015 日本産シダ植物種形成ネットワークの包括的解明
- 2012 - 2015 シダ植物配偶体の形態進化と菌共生関係の変遷
- 2009 - 2011 学校標本の保存・整備を通じた博学連携促進に関する基礎的調査
- 2008 - 2010 地中生配偶体を持つシダ植物の種形成機構解明
- 2006 - 2008 人間環境としての照葉樹林の植物学的解析--中国と日本を対比して
- 2006 - 2007 シダ植物「配偶体フロラ」の解明
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