- 2021 - 2024 最強ウイルスバスター微生物による暗黒の底生生態系に潜むウイルス防御共生の実証
- 2021 - 2024 電気化学で拓く地球,そして宇宙における生命の起源
- 2020 - 2023 初期地球深海熱水環境での液体・超臨界二酸化炭素が導く新たな化学進化の検証
- 2018 - 2021 地球第三の生態系=電気合成微生物生態系の証明とその生態学的意義の解明
- 2017 - 2020 革新的再現実験から解読する生命の起源と初期進化を支えた原始地球窒素循環
- 2013 - 2016 高圧培養による深海底由来メタン菌が生成するメタンの同位体組成の再評価
- 2012 - 2015 深海熱水海底発電と電気合成微生物群集の存在証明
- 2008 - 2014 大河計画統括と航海調整
- 2011 - 2012 深海生物が身にまとう磁性硫化ナノメタル:金属濃縮機構の網羅解析
- 2010 - 2012 新たな温暖化促進微生物:メタン酸化菌による亜酸化窒素(N2O)生成の検証
- 2010 - 2012 同位体地球化学と微生物学の結合による熱水系の窒素動態解析
- 2010 - 2012 高圧培養による深海底由来メタン生成菌を使ったメタン炭素同位体比の再評価
- 2008 - 2012 「海底下の大河」における物理・化学環境と微生物活動の相互作用:現場環境での素過程
- 2009 - 2011 東アジア圏域の家族の扶養意識と高齢者介護の社会化に関する研究
- 2009 - 2011 在宅認知症高齢者の急変時対応に関するリスク管理モデルの開発
- 2009 - 2011 極限環境微生物代謝による生体元素同位体分別・平衡効果の体系的研究
- 2008 - 2010 深海底熱水活動域における化学合成微生物の共生機構を分子的に理解する
- 2006 - 2008 始生代地球における初期生命進化を導いた地質ー生物相互作用に関する研究
- 2004 - 2007 深海熱水環境からの超好熱古細菌ゲノム資源の大規模収集とその産業技術への応用
- 2005 - 2005 わが国の地下圏生命科学の推進と国際会議ISSMの準備
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