- 2022 - 2026 ほぼ全ての種間で自然雑種を形成する日本産カンガレイ類の種多様性創出機構の解明
- 2022 - 2025 小笠原諸島西之島の生物相の起源
- 2021 - 2025 海洋島横断比較ゲノム解析による適応放散の遺伝的基盤の解明
- 2020 - 2025 汎熱帯海流散布植物の分布周縁における進化過程の解明
- 2022 - 2024 系統ゲノミクスで解き明かすカナリア諸島木本性ノゲシ属の適応放散
- 2021 - 2024 系統ゲノミクスで解き明かすカナリア諸島木本性ノゲシ属の適応放散
- 2020 - 2022 水平伝播遺伝子から探る根寄生植物の宿主特異性の進化
- 2018 - 2022 コバイモ類の種分化:花形態と系統の不一致の要因・独特な分布パターンの成因を探る
- 2017 - 2021 マングローブ林保全のためのグローバル景観ゲノミクス
- 2017 - 2021 海外の起源地との比較による小笠原固有植物の性表現と送粉共生系の進化の解明
- 2016 - 2021 中国横断山脈とマレー半島をつなぐ植物回廊:植物の高い種多様性と南北移動史の解明
- 2017 - 2019 年縞堆積物DNAによる景観復元の探求
- 2015 - 2019 海洋島の実験系を利用したマメ科ー根粒菌共生特異性の進化学的研究
- 2015 - 2019 オニヤブソテツ有性生殖型における高自殖性進化の集団ゲノミクス解析
- 2015 - 2018 地球上で最大スケールの輪状種を実証する
- 2013 - 2017 マングローブ林の保全と再生に必要な遺伝的多様性の解析:主要構成種5群の解析
- 2013 - 2017 著しい種内倍数性を示すオトコエシ(オミナエシ科)に関する系統地理学的解析
- 2013 - 2016 海洋島における海流散布植物の内陸環境への適応と進化
- 2011 - 2015 汎ヒマラヤ地域の植物相に関する遺伝的多様性と種多様性にもとづく系統分類学的解析
- 2010 - 2012 マングローブ林の保全と再生に必要な遺伝的多様性の全球的解析
- 2007 - 2009 複数の核遺伝子マーカーにもとづく汎熱帯海流散布植物の種分化過程の解明
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