- 2018 - 現在 多摩川河口域における水生菌類多様性と有機物分解機能の評価
- 2016 - 現在 湖沼および海洋におけるツボカビの多様性と機能評価:検出方法の開発と物質流の定量化
- 2016 - 現在 植物プランクトンと多様な菌類の寄生関係:変動環境下における感染症動態の解明
- 2023 - 2027 生態系レジームシフト検知のための微視的特徴づけに基づく早期診断法の構築
- 2024 - 2026 氷河・積雪生態系における雪氷藻類へのツボカビ感染症の動態解明
- 2022 - 2026 乾燥化と放牧がもたらす生態系機能の変化を管理する:生物多様性に根ざした方策
- 2022 - 2026 氷河・積雪生態系における雪氷藻類へのツボカビ感染症の動態解明
- 2021 - 2024 湖沼生態系への温暖化対策の影響解明に向けた環境DNAによる新たな評価手法の構築
- 2020 - 2024 水域生態系の宿主-寄生者系をモデルとした野外生態系動態の制御に向けた枠組み構築
- 2019 - 2024 凝集体生命圏:海洋炭素循環の未知制御機構の解明
- 2020 - 2023 ワンヘルスアプローチの具現化に向けた下水管における薬剤耐性細菌の動態解明
- 2020 - 2022 氷河生態系の鍵を握る雪氷藻類寄生性ツボカビの実態解明
- 2019 - 2022 疫学パラメータの個体間差異が感染症拡大と生態系全体へ及ぼす影響の解明
- 2016 - 2018 微細藻類に寄生するクリプト菌門の多様性の解明と培養系の確立
- 2013 - 2017 生物多様性と生態系機能への影響を考慮した湖沼沿岸植生管理に関する研究
- 2013 - 2016 湖沼および海洋におけるツボカビの多様性と機能評価:検出方法の開発と物質流の定量化
- 2013 - 2016 湖沼および海洋におけるツボカビの多様性と機能評価:検出方法の開発と物質流の定量化
- 2014 - 2015 環境変動に伴うアオコの発生パターンの変遷の解明
- 2010 - 2013 湖沼における菌類の生態および難分解性有機物の分解に果たす役割の解明
- 2011 - 2012 高密度なオニビシ群落の機能評価:適切な植生管理に向けて
- 2010 - 2012 湖沼生態系におけるツボカビの多様性と生態系機能
- 2009 - 2010 印旛沼における大型植物プランクトンの生態解明および保全に関する研究
- 2007 - 2010 病原菌の駆動する湖沼物質流の定量化
- 2005 - 2006 環境変動に伴なう水生菌類の増加を介した湖沼食物網動態の変遷の解明
- 2001 - 2002 琵琶湖生態系の変動の鍵を握る大型植物プランクトンに関する研究
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