- 2020 - 2025 カンボジア・メコン川流域における安全・安心な淡水フグ食の創造にむけた超学研究
- 2018 - 2023 アユ海洋生活期の成長・生残に関する環境要因の抽出
- 2019 - 2021 付着藻類を食べる普通種アユが河川生物群集のなかでになう生態的役割の解明
- 2019 - 2020 絶滅の危機に瀕したリュウキュウアユをカワウの食害から回避させる手法の確立
- 2016 - 2019 河川工作物が底生魚類の個体群・群集に及ぼす生態的影響の多面的評価手法の確立
- 2015 - 2018 危機的状況にあるリュウキュウアユの存続に向けたメタ個体群構造の解明
- 2015 - 2018 絶滅危惧魚種リュウキュウアユのメタ個体群構造の解明とその保全管理手法の確立
- 2014 - 2017 希少魚リュウキュウアユの絶滅回避を実現する保全施策運用技術の開発
- 2013 - 2016 カジカ等の生態的移動弱者の生物多様性に配慮した河川管理方策の提案
- 2010 - 2013 遊泳能力の低い冷水性底生魚を用いた,温暖化にともなう水温上昇の影響評価手法の確立
- 2011 - 2012 河川におけるアユの放射性セシウムの取り込み経路の解明
- 2011 - 2012 絶滅が危惧される魚類リュウキュウアユの産卵場所造成指針の作成
- 2008 - 2012 「カジカほか」の生物多様性保全
- 2010 - 2011 絶滅危惧種リュウキュウアユにおける摂餌生態,摂餌場所環境の評価と奄美大島での保全手法の提案
- 2008 - 2010 環境要因がアユの行動に与える影響の解析
- 2007 - 2010 東ユーラシアにおける淡水魚類の生物多様性起源:分化と分散の多層的アプローチ
- 2007 - 2009 カワウの採食特性の解明
- 2005 - 2009 冷水病耐性系統の遺伝特性評価
- 2006 - 2008 河川残留型を含むビワマス地域個体群存在の可能性
- 2005 - 2007 アユの系統が塩分・水温耐性に与える影響の解明
- 2004 - 2007 アユ仔・稚魚の海域を通じた分散過程の分子遺伝学的解析
- 2003 - 2007 「シナイモツゴほか」の生物多様性保全
- 2003 - 2006 「ニジマスほか」の移入種管理
- 2003 - 2006 極東アジアにおける淡水魚類の生物多様性とその起源
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