- 2023 - 2026 Long read sequencingを用いたもやもや病の遺伝的要因の解明および治療標的の探索
- 2016 - 2022 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
- 2016 - 2021 ヒトゲノムDe Novo情報解析テクノロジーの創出
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- 2013 - 2019 生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出 DNA3次元クロマチン動態の理解と予測
- 2013 - 2016 家族性急性リンパ性白血病の原因遺伝子の探索
- 2010 - 2016 ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
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- 2012 - 2015 NIIDの次世代シークエンサーを用いた病因遺伝子の同定
- 2010 - 2015 脳疾患パーソナルゲノム多様性を分析する情報学の創成
- 2011 - 2015 パーソナルゲノム情報に基づく脳疾患メカニズムの解明
- 2011 - 2014 クロマチン構造とDNAメチル化が誘導する進化
- 2009 - 2014 ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏
- 2006 - 2011 マルチモーダル統合バイオDB
- 2005 - 2010 表現型を始めとする機能情報の解析技術
- 2005 - 2009 情報解析および成果公開のための支援活動
- 2002 - 2007 創造的な生物・情報知識融合型の研究開発 遺伝子破壊株イメージ・マイニング
- 2000 - 2005 ゲノム統合データベースからの知識発見
- 2000 - 2005 ゲノム情報科学の新展開(総括班)
- 1999 - 2001 データマイニング間合せ最適化技術
- 1998 - 2000 巨大データベースからの知識発見に関する研究
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