徳久淳師

トクヒサアツシ | Tokuhisa Atsushi

所属機関・部署：
職名：上級研究員

研究分野 (5件)：計測工学 , 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 , 生命、健康、医療情報学 , 計算科学 , 生物物理学

研究キーワード (3件)：計算創薬 , 単粒子構造解析 , 計算構造生物学

競争的資金等の研究課題 (10件)：

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論文 (29件)：

Atsushi Tokuhisa, Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Akira Nakagawa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Yasushi Okuno. PaStEL: Generator of Pathways with Structural Change on Pseudo Free-Energy Landscape from CryoEM Images. 2024
Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno. Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model. Journal of Chemical Theory and Computation. 2024. 20. 1. 7-17
Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Atsushi Tokuhisa, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Yuhei Umeda, Yasushi Okuno, Akira Nakagawa. An Auto-Encoder to Reconstruct Structure with Cryo-EM Images via Theoretically Guaranteed Isometric Latent Space, and Its Application for Automatically Computing the Conformational Pathway. MICCAI (1). 2023. 14220 LNCS. 394-404
Yosuke Oyama, Akihiro Tabuchi, Atsushi Tokuhisa. Accelerating AlphaFold2 Inference of Protein Three-Dimensional Structure on the Supercomputer Fugaku. FlexScience@HPDC. 2023. 1-9
Ryo Kanada, Kei Terayama, Atsushi Tokuhisa, Shigeyuki Matsumoto, Yasushi Okuno. Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics. Journal of Chemical Theory and Computation. 2022. 18. 4. 2062-2074

MISC (26件)：

佐藤美和, 中川寛之, 小甲裕一, 宮口郁子, 鹿島亜希子, 馬彪, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, 池口満徳. 深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
宮口郁子, 鹿島亜季子, 佐藤美和, 中田一人, 馬彪, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳. AI用学習データ作成のための高・低分解能の蛋白質結晶構造比較. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
馬場剛史, 小甲裕一, 佐藤美和, 中川寛之, 宮口郁子, MA Biao, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, et al. 3D-CNNを活用したポケット予測に関する研究。. 構造活性相関シンポジウム講演要旨集. 2019. 47th (CD-ROM)
中野美紀, 宮下治, JONIC Slavica, 徳久淳師, TAMA Florence, TAMA Florence, TAMA Florence. シミュレーションデータを用いたX線自由電子レーザー(XFEL)回折像からの生体分子三次元構造の復元プロトコル. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2018. 73. 1. 3078-3078
中野美紀, 宮下治, JONIC Slavica, 徳久淳師, TAMA Florence, TAMA Florence. X線自由電子レーザー(XFEL)回折像からの生体分子三次元構造の復元. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2016. 71. 1. 3179-3179

書籍 (3件)：

クライオ電子顕微鏡ハンドブック = Handbook of cryo-electron microscopy
エヌ・ティー・エス 2023 ISBN:9784860438043
AI導入によるバイオテクノロジーの発展
シーエムシー出版 2018 ISBN:9784781313153
in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術
技術情報協会 2018 ISBN:9784861046889

講演・口頭発表等 (56件)：

機械学習による単粒子X 線回折像の改善
(第58回日本生物物理学会年会 2020)
深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測
(第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会 2020)
創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究
(第6回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会 2019)
実験とシミュレーションの融合による生体高分子構造多形推定法の開発
(VINAS Users Conference 2019 2019)
2次元テンプレートマッチング法によるクロマチン構造多型解析への挑戦
(第57回日本生物物理学会年会 2019)

学歴 (4件)：

学位 (1件)：

経歴 (10件)：

2021/04 - 現在特定国立研究開発法人理化学研究所計算科学研究センター HPCI/AI駆動型医薬プラットフォーム部門バイオメディカル計算知能ユニット上級研究員
2020/04 - 2021/03 特定国立研究開発法人理化学研究所医科学イノベーションハブ推進プログラム(MIH)医薬プロセス最適化プラットフォーム推進グループ上級研究員
2017/05 - 2021/03 特定国立研究開発法人理化学研究所計算科学研究センター・研究部門・量子系分子科学研究チーム研究員
2017/04 - 2020/03 理化学研究所科学技術ハブ推進本部・健康生き活き羅針盤リサーチコンプレックス推進プログラム・健康羅針盤チーム研究員
2013/04 - 2017/03 理化学研究所計算科学研究機構・研究部門・計算構造生物学研究ユニット研究員

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受賞 (4件)：

2020/12 - 量子生命科学会優秀発表賞量子生命科学会第2回大会創薬応用を目指したテンプレートマッチングによる生体分子構造多形評価法の開発
2019/11 - 一般財団法人高度情報科学技術研究機構(RIST) 第6回HPCI報告会優秀成果賞 hp180123「創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究」
2019/10 - 情報計算化学生物学会優秀ポスター賞 Validation of protein structure from low resolution density map using Deep Learning
2012/05 - (IUCr) International Union of Crystallography Acta Crystallographica Section A, Highlighted Article “Classifying and assembling two-dimensional X-ray laser diffraction patterns of a single particle to reconstruct the three-dimensional diffraction intensity function: resolution limit due to the quantum noise” Tokuhisa A., Taka J., Kono H. and Go N. Acta Crystallographica A, 68, 336-381 (2012)

所属学会 (1件)：

日本生物物理学会

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