- 2022 - 2025 説明可能AIによる1細胞計測大規模ネットワークデータからの知識発見技術の開発
- 2015 - 2022 システム癌新次元国際連携支援
- 2020 - 2021 新学術領域研究「システム癌新次元」研究成果取りまとめ
- 2016 - 2020 肺腺癌のリネジ特異的生存シグナルの“ウェット”と“ドライ”の統合による全貌解明
- 2015 - 2020 スーパーコンピューティングと革新的情報技術によるがんシステムの新次元探索
- 2015 - 2020 領域の研究方針の策定
- 2015 - 2020 がんシステムの新次元俯瞰と攻略
- 2015 - 2020 生命病態システムの数理モデリングとその個別化医療への応用のための数理的基盤の確立
- 2016 - 2019 秘匿性・改竄耐性のある超高速データ通信システムの研究
- 2015 - 2018 三次元ゲノム解析による肝内胆管癌のクローン進化と腫瘍内不均一性の解明
- 2015 - 2018 C型肝炎治癒後肝癌の革新的なエピゲノム・トランスクリプトーム解析と発癌機構の解明
- 2015 - 2018 食道癌の時空間的オミックス解析による進化と多様性の解明
- 2013 - 2016 パーソナルゲノム医療に向けたメディカルインフォマティクスの情報基盤研究
- 2013 - 2016 リネッジ生存癌遺伝子TTF-1/NKX2-1の肺腺癌における役割のシステム的理解
- 2011 - 2015 食道癌放射線治療成績向上のための放射線感受性制御micro RNAと遺伝子の解明
- 2010 - 2015 システム的統合理解に基づくがんの先端的診断、治療、予防法の開発
- 2010 - 2015 計算とシミュレーションによるがんシステム学の創成
- 2010 - 2015 領域の研究方針の策定
- 2010 - 2012 ネットワーク解析による薬剤応答パスウェイの解析法の研究
- 2009 - 2011 動的な生体内パスウェイモデルの特徴因子と遺伝子多型・機能との関係に関する研究
- 2008 - 2010 増殖因子による幹細胞並びに個体発生の動態制御のシステム生物学的解析
- 2005 - 2009 イン・シリコ生命ネットワーク構築のための遺伝子ネットワーク推定とシミュレーション
- 2006 - 2008 遺伝子ネットワークによる創薬ターゲットパスウェイのイン・シリコ探索技術
- 2004 - 2006 構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法
- 2004 - 2006 海洋環境への適応をつかさどる遺伝子の探索:浸透圧調節ホルモン遺伝子
- 2005 - 2005 がん発生・抑止機構の計算機モデル化によるシステム的理解と新分子標的推定手法の開発
- 2003 - 2005 プロテオーム解析データからの知識発見に関する情報科学的基礎付け
- 2000 - 2005 ゲノム情報科学の新展開(総括班)
- 2003 - 2004 遺伝子ネットワーク解析のための情報技術に関する研究
- 2000 - 2004 配列情報に潜む規則性の発見
- 2001 - 2003 バイオインフォマティクスのための共通パターン抽出アルゴリズムの研究
- 2000 - 2002 cDNAマイクロアレイデータからの知識発見に関する情報科学的基礎付け
- 1998 - 2000 巨大学術社会情報からの知識発見に関する基礎研究
- 1998 - 2000 巨大データベースからの知識発見に関する研究
- 1996 - 2000 ゲノムの生物知識情報
- 1997 - 1999 二分決定グラフを知識表現に用いたデータマイニングシステムの開発
- 1996 - 1998 カテゴリー論的計算機数学の総合的研究
- 1997 - 1997 巨大学術社会情報からの知識発見に関する基礎研究
- 1995 - 1997 日仏ゲノム共同研究
- 1994 - 1996 並列知識獲得システムの開発
- 1994 - 1996 学習アルゴリズムによる機械発見
- 1994 - 1996 アルゴリズム論に関する総合的研究
- 1994 - 1995 探索アルゴリズムの効率化
- 1991 - 1995 ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究
- 1992 - 1992 並列学習アルゴリズムによる大量ゲノムデータからの知識獲得の研究
- 1990 - 1992 超多重並行処理アーキテクチャと宣言型ソフトウェア方式実用化の研究
- 1991 - 1991 並列学習アルゴリズムによる大量ゲノムデ-タからの知識獲得の研究
- 1990 - 1991 学習と教示のアルゴリズム論的研究
- 1990 - 1990 ソフトウェア構成法における類推と帰納推論
- 1989 - 1989 推論による学習の基礎研究
- 1987 - 1989 類推を用いる知識情報処理システムの開発
- 1988 - 1988 推論による学習の基礎研究
- 1987 - 1988 帰納推論と類推によるソフトウェア再利用方式の研究
- 1987 - 1987 計算科学への圏論の応用
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