- 2022 - 2025 シロアゴガエルatp8遺伝子から紐解くミトコンドリアゲノム進化の機能的背景
- 2020 - 2022 ネッタイツメガエル胚発生における遺伝子制御ネットワークの揺らぎと進化
- 2020 - 2022 無尾両生類ミトコンドリアゲノム進化の実験的検証
- 2018 - 2021 造礁サンゴの初期石灰化過程に関わる遺伝子の機能解析
- 2017 - 2021 サンゴ“ホロビオント”成立・維持機構の構成的理解
- 2020 - 2021 初期化因子GLIS1の構造基盤の解明
- 2018 - 2020 ネッタイツメガエル胚発生における転写因子ー標的遺伝子関係の揺らぎ測定
- 2017 - 2020 細胞運動非依存的な脊索の自律的形態形成メカニズムの解明
- 2016 - 2019 脊椎動物におけるBrachyuryの遺伝子重複がもつ進化発生学的意義の解明
- 2014 - 2017 CRISPRiシステムを用いたシス制御領域の新規機能解析法の確立
- 2012 - 2015 原口から脊索を生み出した進化過程のChIP-seq法を用いた解析
- 2009 - 2011 転写因子Lhx1とLhx3に注目した脊椎動物原腸胚オーガナイザーの進化発生生物学的解析
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