林周斗

ハヤシシュウト | Hayashi Shuto

所属機関・部署：
職名：准教授
ホームページURL (1件)： http://www.shimamlab.info/

研究分野 (2件)：生命、健康、医療情報学 , システムゲノム科学

研究キーワード (3件)：バイオインフォマティクス , 深層学習 , ベイズ統計学

競争的資金等の研究課題 (4件)：

論文 (16件)：

Yasuhiro Kojima, Shinji Mii, Shuto Hayashi, Haruka Hirose, Masato Ishikawa, Masashi Akiyama, Atsushi Enomoto, Teppei Shimamura. Single-cell colocalization analysis using a deep generative model. Cell Systems. 2024. 15. 2. 180-192.e7
Yuta Kobayashi, Atsushi Niida, Satoshi Nagayama, Koichi Saeki, Hiroshi Haeno, Kazuki K. Takahashi, Shuto Hayashi, Yuki Ozato, Hideyuki Saito, Takanori Hasegawa, et al. Subclonal accumulation of immune escape mechanisms in microsatellite instability-high colorectal cancers. British Journal of Cancer. 2023. 129. 7. 1105-1118
Jun Koseki, Shuto Hayashi, Yasuhiro Kojima, Haruka Hirose, Teppei Shimamura. Topological data analysis of protein structure and inter/intra- molecular interaction changes attributable to amino acid mutations. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2023. 21. 2950-2959
Yuki Ozato, Yasuhiro Kojima, Yuta Kobayashi, Yuuichi Hisamatsu, Takeo Toshima, Yusuke Yonemura, Takaaki Masuda, Kouichi Kagawa, Yasuhiro Goto, Mitsuaki Utou, et al. Spatial and single-cell transcriptomics decipher the cellular environment containing HLA-G+ cancer cells and SPP1+ macrophages in colorectal cancer. Cell Reports. 2023. 42. 1. 111929-111929
Shuto Hayashi, Jun Koseki, Teppei Shimamura. Bayesian statistical method for detecting structural and topological diversity in polymorphic proteins. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2022. 20. 6519-6525

MISC (23件)：

Matthew H. Bailey, William U. Meyerson, Lewis Jonathan Dursi, Liang-Bo Wang, Guanlan Dong, Wen-Wei Liang, Amila Weerasinghe, Shantao Li, Yize Li, Sean Kelso, M, et al. Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples. Nature Communications. 2020. 11. 1. 4748-4748
Constance H. Li, Stephenie D, Prokopec, Ren X. Sun, Fouad Yousif, Nathaniel Schmitz, PCAWG Tumour Subtypes Clinical Translation, Paul C. Boutros, PCAWG Consortium. Sex differences in oncogenic mutational processes. Nature Communications. 2020. 11. 1. 4330-4330
Sergei Yakneen, Sebastian M. Waszak, PCAWG Technical Working Group, Michael Gertz, Jan O. Korbel, PCAWG Consortium. Butler enables rapid cloud-based analysis of thousands of human genomes. Nature Biotechnology. 2020. 38. 3. 288-292
Bernardo Rodriguez-Martin, Eva G. Alvarez, Adrian Baez-Ortega, Jorge Zamora, Fran Supek, Jonas Demeulemeester, Martin Santamarina, Young Seok Ju, Javier Temes, Daniel Garcia-Souto, et al. Pan-cancer analysis of whole genomes identifies driver rearrangements promoted by LINE-1 retrotransposition. Nature Genetics. 2020. 52. 3. 306-319
Kadir C. Akdemir, Victoria T. Le, Sahaana Chandran, Yilong Li, Roel G. Verhaak, Rameen Beroukhim, Peter J. Campbell, Lynda Chin, Jesse R. Dixon, P. Andrew Futreal, et al. Disruption of chromatin folding domains by somatic genomic rearrangements in human cancer. Nature Genetics. 2020. 52. 3. 294-305

書籍 (2件)：

Analyzing Antibody Repertoire Using Next-Generation Sequencing and Machine Learning.
Humana 2022
論文図表を読む作法 : はじめて出会う実験&解析法も正しく解釈! : 生命科学・医学論文をスラスラ読むためのFigure事典
羊土社 2022 ISBN:9784758122603

講演・口頭発表等 (13件)：

AIとロボットによる自律駆動型タンパク質設計
(第1回IPABセミナー「創薬情報研究の最前線」 2024)
AIとロボットによる人類未踏タンパク質の創製
(第81回文科省と附置研センターとの定例ランチミーティング 2024)
AIとロボットによるde novoタンパク質設計の完全自動化
(第2回東京工業大学生命理工学院東京医科歯科大学難治疾患研究所教員交流シンポジウム 2024)
AIとロボットによるde novoタンパク質設計の完全自動化
(第1回多細胞休止を研究する会 2024)
分子動力学シミュレーション高速化のための深層学習手法
(第12回生命医薬情報学連合大会 2023)

学歴 (3件)：

学位 (1件)：

経歴 (4件)：

所属学会 (1件)：

日本バイオインフォマティクス学会

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林 周斗