研究者
J-GLOBAL ID：202101021044638496   更新日: 2024年11月18日

小林 直宏

コバヤシ ナオヒロ | Kobayashi Naohiro
所属機関・部署：
特定国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センター

特定国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センター について


職名： 上級研究員
研究分野 (7件)： 生物物理学 ,  生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 ,  知能情報学 ,  データベース ,  計算機システム ,  機能生物化学 ,  構造生物化学
研究キーワード (20件)： 構造予測 ,  分子動力学計算 ,  蛋白質-蛋白質複合体 ,  リガンド蛋白質複合体 ,  蛋白質-蛋白質相互作用 ,  リガンド-蛋白質相互作用 ,  アミロイド ,  核磁気共鳴 ,  計算機科学 ,  自動解析 ,  有限オートマトン理論 ,  人工知能 ,  データベース ,  生体高分子NMRデータバンク ,  蛋白質データバンク ,  蛋白質フォールディング ,  深層学習 ,  蛋白質構造 ,  ペプチド化学 ,  機械学習
競争的資金等の研究課題 (7件)：
  • 2022 - 2025 超高分解能固体NMRと自動解析による非結晶性生体高分子と先端材料構造解析の新機軸
  • 2018 - 2021 人工知能型自動NMRデータ解析システムの開発
  • 2016 - 2018 NMR分子置換法の開発
  • 2015 - 2018 データベースを利用したNMR創薬支援パイプラインの開発
  • 2010 - 2013 データベースを有効活用した学習型NMRシグナル自動解析システムの開発
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論文 (91件)：
  • Mohammad Jafar Tehrani, Isamu Matsuda, Atsushi Yamagata, Yu Kodama, Tatsuya Matsunaga, Mayuko Sato, Kiminori Toyooka, Dan McElheny, Naohiro Kobayashi, Mikako Shirouzu, et al. E22G Aβ40 fibril structure and kinetics illuminate how Aβ40 rather than Aβ42 triggers familial Alzheimer's. Nature communications. 2024. 15. 1. 7045-7045
  • Kanako Kuwasako, Weirong Dang, Fahu He, Mari Takahashi, Kengo Tsuda, Takashi Nagata, Akiko Tanaka, Naohiro Kobayashi, Takanori Kigawa, Peter Gunter, et al. 1H, 13C, and 15N resonance assignments and solution structure of the N-terminal divergent caplonin homology (NN-CH) domain of human intraflagellar transport protein 54. Biomolecular NMR Assignments. 2024
  • Hideki Kusunoki, Taiichi Sakamoto, Naohiro Kobayashi, Toshiyuki Kohno, Kaori Wakamatsu, Takashi Nagata. Structural insights into the interaction between the C-terminal-deleted BH3-like motif peptide of hepatitis B virus X protein and Bcl-xL. Biochemistry. 2024. 63. 632-643
  • Koya Sakuma*, Naohiro Kobayashi*, Toshihiko Sugiki, Toshio Nagashima, Toshimichi Fujiwara, Kano Suzuki, Naoya Kobayashi, Takeshi Murata, Takahiro Kosugi, Rie Tatsumi-Koga, et al. Design of complicated all-α protein structures. Nature Structural & Molecular Biology. 2024
  • Shintaro Minami*, Naohiro Kobayashi*, Toshihiko Sugiki, Toshio Nagashima, Toshimichi Fujiwara, Rie Tatsumi-Koga, George Chikenji, Nobuyasu Koga. Exploration of novel αβ-protein folds through de novo design. Nature Structural & Molecular Biology. 2023
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MISC (34件)：
  • 猪俣光稀, 古板恭子, 杉木俊彦, 高尾敏文, 小林直宏, 藤原敏道, 児嶋長次郎, 児嶋長次郎. 溶液NMR法による抗酸化酵素GPx4の構造解析. 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2021. 21st
  • 戸川航, 古板恭子, 小林直宏, 藤原敏道, 児嶋長次郎, 児嶋長次郎. 家族性筋萎縮性側索硬化症ALSの原因遺伝子産物VAP-BのNMR構造解析. 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2021. 21st
  • 小林直宏, 杉木俊彦, 南慎太朗, 佐久間航也, 佐久間航也, 長島敏雄, 児嶋長次郎, 藤原敏道, 小杉貴洋, 古賀理恵, et al. 高速・高精度なMagROによるNMR構造解析の完全自動化. Abstracts. Annual Meeting of the NMR Society of Japan. 2020. 59th
  • 杉木俊彦, 熊谷圭悟, 新家粧子, 小林直宏, 藤原敏道, 花田賢太郎, 児嶋長次郎, 児嶋長次郎. ヒト脂質輸送蛋白質CERTがクラミジア封入体の膜蛋白質IncDにハイジャックされる分子機序の溶液NMR解析. Abstracts. Annual Meeting of the NMR Society of Japan. 2020. 59th
  • 花田賢太郎, 熊谷圭悟, 杉木俊彦, 新屋粧子, 小林直宏, 江川大地, 藤原敏道, 児嶋長次郎, 児嶋長次郎. セラミド輸送タンパク質CERTと細胞内寄生細菌クラミジア封入体膜タンパク質IncDとの会合機序. 脂質生化学研究. 2019. 61
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特許 (4件)：
書籍 (10件)：
  • NMRによる有機材料分析とその試料前処理、データ解釈
    技術情報協会 2021 ISBN:9784861048609
  • 生体高分子NMRの自動解析・深層学習による高度化
    日本分光学会 分光研究誌 2018
  • 生体系 NMR の解析ツール(機械学習と自動化)
    日本核磁気共鳴学会誌 2017
  • PDBj ニュースレター vol.18
    2017
  • PDBj ニュースレター vol.17
    2016
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講演・口頭発表等 (52件)：
  • Expedited and facilitated NMR analysis of proteins for difficult cases assisted by MD simulation and machine learning
    (20th ISMAR-2023 2023)
  • MD計算, 深層学習を活用したタンパク質複合体解析
    (第61回NMR討論会 2022)
  • NMR analysis of protein complex assisted by machine learning
    (The 7th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR 2022)
  • Deep-MagRO: A integrated tool for highly automated and accurate NMR analysis of solution- and solid-state NMR assisted by deep neural networks
    (ISMAR-APNMR2011 2021)
  • 高速・高精度なMagROによるNMR構造解析の完全自動化
    (第59回NMR討論会 2020)
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学歴 (2件)：
  • 1989 - 1994 筑波大学 大学院博士課程 生物応用化学科
  • 1985 - 1989 筑波大学 農林学類 (現:生物資源学類) 応用生物化学科
経歴 (12件)：
  • 2021/04 - 現在 理化学研究所 生命機能科学研究センター 上級研究員
  • 2019/04 - 2021/03 理化学研究所 放射光科学研究センター 上級研究員
  • 2016/04 - 2019/03 大阪大学 蛋白質研究所 特任准教授
  • 2009/01 - 2016/03 大阪大学 蛋白質研究所 特任研究員
  • 2008/04 - 2008/12 株式会社イーメックス 導電性高分子開発研究部門 研究員
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委員歴 (1件)：
  • 2018/04 - 2020/03 日本磁気共鳴学会 評議員
受賞 (1件)：
  • 2001/10 - 日本ペプチド学会奨励 日本ペプチド学会奨励賞 プロテインGB1ドメインの立体構造形成に関する研究
所属学会 (1件)：
日本核磁気共鳴学会
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