上田宏生

ウエダヒロキ | Ueda Hiroki

所属機関・部署：
職名：特任講師
ホームページURL (1件)： http://www.biods.rcast.u-tokyo.ac.jp/

研究分野 (2件)：システムゲノム科学 , ゲノム生物学

研究キーワード (5件)：がんゲノミクス , BIGDATA解析 , バイオインフォマティクス , ナノポアシーケンサ , RNA修飾

競争的資金等の研究課題 (10件)：

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論文 (37件)：

Feifei Wei, Taku Kouro, Yuko Nakamura, Hiroki Ueda, Susumu Iiizumi, Kyoko Hasegawa, Yuki Asahina, Takeshi Kishida, Soichiro Morinaga, Hidetomo Himuro, et al. Enhancing Mass spectrometry-based tumor immunopeptide identification: machine learning filter leveraging HLA binding affinity, aliphatic index and retention time deviation. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2024
Boyi Yu, Genta Nagae, Yutaka Midorikawa, Kenji Tatsuno, Bhaskar Dasgupta, Hiroyuki Aburatani, Hiroki Ueda. m6ATM: a deep learning framework for demystifying the m6A epitranscriptome with Nanopore long-read RNA-seq data. Briefings in bioinformatics. 2024. 25. 6
Taijun Hana, Akitake Mukasa, Masashi Nomura, Genta Nagae, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno, Hiroki Ueda, Shiro Fukuda, Takayoshi Umeda, Shota Tanaka, et al. AB019. Detailed analysis of DNA hydroxymethylation observed with the malignant progression of IDH-mutant gliomas. Chinese clinical oncology. 2024. 13. Suppl 1. AB019
Taijun Hana, Akitake Mukasa, Masashi Nomura, Genta Nagae, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno, Hiroki Ueda, Shiro Fukuda, Takayoshi Umeda, Shota Tanaka, et al. Region-specific DNA hydroxymethylation along the malignant progression of IDH-mutant gliomas. Cancer science. 2024. 115. 5. 1706-1717
Hiroki Ueda, Bhaskar Dasgupta, Bo-Yi Yu. RNA Modification Detection Using Nanopore Direct RNA Sequencing and nanoDoc2. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 2023. 2632. 299-319

MISC (4件)：

山本竜児, 溝上敦, 山本尚吾, 上田宏生, 辰野健二, 油谷浩幸, 穴井元暢, 児玉龍彦, 田中十志也. アンドロゲン非依存性LNCaP亜株のスプライシング異常について RNA-seq解析からみたアンドロゲン受容体およびクロマチン因子の異常. 泌尿器外科. 2016. 29. 8. 1229-1233
Kazutaka Fukumura, Masahito Kawazu, Shinya Kojima, Toshihide Ueno, Eirin Sai, Manabu Soda, Hiroki Ueda, Takahiko Yasuda, Hiroyuki Yamaguchi, Jeunghun Lee, et al. Genomic characterization of primary central nervous system lymphoma. Acta Neuropathologica. 2016. 131. 6. 865-875
Brett Johnson, Tali Mazor, Chibo Hong, Michael Barnes, Shogo Yamamoto, Hiroki Ueda, Kenji Tatsuno, Koki Aihara, Saurabh Asthana, Manisha Dayal, et al. CLONAL EVOLUTION AND INTRATUMORAL HETEROGENEITY OF LOW-GRADE GLIOMA GENOMES. NEURO-ONCOLOGY. 2014. 16
大内康太, 高橋信, 辰野健二, 林玲匡, 山本尚吾, 上田宏生, 井上正広, 仲野弘美, 油谷浩幸, 石岡千加史. FFPE組織を用いた全エクソン解析(Whole-exome sequencing using formalin-fixed paraffin embedded tissue). 日本癌学会総会記事. 2013. 72回. 401-401

特許 (1件)：

書籍 (3件)：

月間「細胞」2021年12月号エピトランスクリプトミクス
ニューサイエンス社 2021
ロングリードWET&DRY解析ガイド : シークエンスをもっと自由に! : リピート配列から構造変異、ダイレクトRNA、de novoアセンブリまで、研究の可能性をグンと広げる応用自在な最新技術 : どこでも、誰でも、今日から使える!
羊土社 2021 ISBN:9784758122535
個別化医療を拓くがんゲノム研究 : 解き明かされるがんの本質と分子診断・治療応用への展開
羊土社 2014 ISBN:9784758103404

講演・口頭発表等 (2件)：

Detecting of RNA modification using nanopore sequencer and nanoDoc
(Nanopore Day Tokyo 2022 2022)
RNA modification detection with nanoDoc
(Virtual Nanopore Day Japan 2021)

所属学会 (3件)：

日本RNA学会 , 日本癌学会 , 日本分子生物学会

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上田 宏生