- 2021 - 2025 日本列島に棲息したオオヤマネコに関する学際的調査・研究
- 2021 - 2024 都市空間を利用するキタキツネの生態遺伝学的特徴とエキノコックス伝播要因の解明
- 2018 - 2023 動植物ゲノム配列解析にもとづくヤポネシアへのヒトの移動の推定
- 2019 - 2021 遺伝学と形態学的アプローチによる北ユーラシアにおける食肉類の多様性と進化の解明
- 2015 - 2020 千島アイヌの起源と経済史に関する考古学的研究
- 2017 - 2019 ブルガリアの生物地理とトラキア文化の起源に関する分子系統・動物考古学的研究
- 2015 - 2019 ユーラシア中央部・南部でのヒグマ多様性変遷の探求と北海道ヒグマ三系統の起源解明
- 2014 - 2018 経済的利用により劣化した東アジアおよびロシア極東地域の食肉目個体群の復元技術開発
- 2016 - 2018 北方ユーラシアにおける食肉類の遺伝的多様性および形態的多様性の比較研究
- 2013 - 2017 マリタ遺跡のヴィーナス像に関する年代研究
- 2012 - 2016 アイヌ民族文化の形成過程の解明に向けた総合的研究
- 2012 - 2016 琉球列島ジュゴン個体群保全のための基礎生物学的研究
- 2014 - 2016 ウラル地方と北海道での古代から現代へのヒグマの系統地理、形態、文化変遷の比較研究
- 2011 - 2015 絶滅危惧種シマフクロウの遺伝的多様性評価と遺伝子資源保存の基盤形成
- 2015 - 北海道および北方域の希少種・固有集団の進化起源と多様性に関する保全遺伝学的研究
- 2010 - 2014 経済的利用により劣化した中国希少食肉目個体群の復元技術の開発
- 2011 - 2013 ツシマヤマネコをモデルとした糞からの生物多様性情報の抽出と種保全への展開
- 2010 - 2012 日本列島の南と北でヒト集団の生活誌と系統の多様性を探る
- 2009 - 2012 環オホーツク海地域における前近代交易網の発達と諸民族形成史の研究
- 2008 - 2012 ユーラシア北東部における後期旧石器時代人の適応行動に関する総合的研究
- 2010 - 2011 琉球列島ジュゴン個体群保全のための個体群解析
- 2007 - 2010 チベット高原横断鉄道による野生動物への影響に関する研究
- 2007 - 2009 氷河期から現代にいたるシベリア・日本哺乳類相の系統地理と移動史の比較研究
- 2007 - 2009 更新世の動物遺存体の古代ゲノム解析法の開発と系統地理学研究の新しい展開
- 2005 - 2009 古代DNA分析を導入したシベリア・マンモス動物群から現代動物相の多様性変遷の解明
- 2003 - 2007 古代DNA分析を導入したエゾシカ集団の系統地理の変遷と多様性成立機構の解明
- 2007 - 2007 中世日本列島北部-サハリンにおける民族の形成過程の解明-市場経済圏拡大の観点から-
- 2006 - 2007 オホーツク文化人骨の再発見と総合的研究
- 2003 - 2007 中世日本列島北部・サハリンにおける民族の形成過程の解明ー市場経済圏拡大の観点から
- 2002 - 2005 中央アジアおよびザバイカルにおけるヒグマ集団の分子系統地理と進化起源の探索
- 2001 - 2003 北海道・環オホーツク海地域におけるヒグマ集団の遺伝的多様性の起源と成立機構の解明
- 2003 - 2003 東アジア・東南アジア産哺乳全種の現況と多様性保全方法・必要な調査の検討
- 2001 - 2003 食される野生動物肉の微生物汚染調査と産地を特定する遺伝学的モニタリング手法の開発
- 2000 - 2000 分子系統解析による日本在来動物種の起源・進化および渡来時期の解明
- 1998 - 2000 絶滅危惧動物の遺伝的多様性評価法と遺伝子資源の保存に有効な分子生物学的技術の開発
- 1998 - 2000 中国高原・シルクロードに分布する希少ヤマネコ類と大型ネコ類の分子系統進化学的研究
- 1999 - 1999 分子系統解析による日本在来動物種の起源・進化および渡来時期の解明
- 1997 - 1998 日本列島に生息する二ホンジカの起源と種分化過程の解明
- 1997 - 1998 イリオモテヤマネコ・ツシマヤマネコの起源・進化の探索と集団内多様性の分子系統解析
- 1997 - 1997 人間との共存をめざした絶滅危惧・希少動物の種保存に関する分子・集団遺伝学的研究
- 1996 - 1997 遺伝子分析と形態計測に基づく中国産シカ類全種の起源・進化・系統の解明
- 1996 - 1996 イリオモテヤマネコ・ツシマヤマネコの進化起源の解明と種内変位の分子系統学的研究
- 1996 - 1996 PCRダイレクトシーケンス法の改良および絶滅種を含む哺乳類進化の分子系統学的解析
- 1996 - 1996 人間との共存をめざした絶滅危惧・希少動物の種保存に関する分子・集団遺伝学的研究
- 1995 - 1995 イリオモテヤマネコ・ツシマヤマネコの進化起源の解明と種内変異の分子系統学的研究
- 1995 - 1995 PCRダイレクトシーケンス法の改良および絶滅種を含む哺乳類進化の分子系統学的解析--ミトコンドリアDNAおよび核内リボソームDNAの遺伝的分化
- 1995 - 1995 人間との共存をめざした絶滅危惧・希少動物の種保存に関する分子・集団遺伝学的研究
- 1994 - 1994 PCRダイレクトシーケンス法の改良および絶滅種を含む哺乳類進化の分子系統学的解析:ミトコンドリアDNAおよび核内リボソームDNAの遺伝的分化
- 1992 - 1993 ヒトゲノムのための顕微画像処理システムの開発
- 1991 - 1993 遺伝性肝炎発症LECラットを用いたウイルソン病解明へのアプローチ
- 1992 - 1992 近交系ラットにおける高多型性DNAマーカーの開発ならびにリンケージ解析への応用
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