- 2015 - 2018 スウェーデンのVega号資料に基づく明治初期の日本研究と琵琶湖環境の復元
- 2000 - 2018 野外実習のための調査手法と環境教育
- 2012 - 2016 アダプティブ・マネジメントによるコウノトリ野生復帰の研究と実行
- 2010 - 2012 外来種がすみにくく在来種がすみやすい琵琶湖岸修復のための実験的研究
- 2008 - 2010 シーボルト標本調査による水辺の原風景復元のための分類学的アプローチ
- 2005 - 2007 フナの遺伝子および行動の解析によるキンギョのルーツ解明
- 魚類を対象とした保全生物学的研究
- 魚類の系統分類に関する研究
- 希少水生生物の保護に関する研究
- シーボルト・コレクションに関する保全分類学的研究
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