- 2020 - 2025 アミノ酸置換による安定性・機能変化評価計算システムの構築と応用
- 2022 - 2024 分子シミュレーションを駆使したオレキシン受容体の機能機構の解明
- 2016 - 2019 動的データに内在するレアイベント性の新規な特徴付けと生体時系列への応用
- 2013 - 2017 緩和モード解析によるタンパク質構造ダイナミクスの解明
- 2013 - 2014 緩和モード解析による蛋白質の構造揺らぎの動的特徴
- 2010 - 2014 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索
- 2010 - 2014 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索
- 2010 - 2011 物理化学的手法を用いた免疫系のペプチドの分子認識に対するシステムの構築
- 2007 - 2008 拡張アンサンブル法による生体高分子系のシミュレーション
- 2006 - 2007 拡張アンサンブル法を用いた蛋白質の分子認識についてのシミュレーション手法の開発と応用
- 2005 - 2006 拡張アンサンブル法による蛋白質のフォールディングシミュレーション
- 2004 - 2006 拡張アンサンブル法によるタンパク質のフォールディングシミュレーション
- 2004 - 2005 生体高分子系の大規模な拡張アンサンブルシミュレーション
- 2003 - 2005 RISM理論で溶媒効果を取り入れた第一原理からのタンパク質の立体構造予測
- 2002 - 2005 拡張アンサンブルシミュレーションを用いた小タンパク質の巻き戻り問題の研究
- 2003 - 2004 生体高分子系の新しい拡張アンサンブル法の開発
- 2001 - 2002 拡張アンサンブル法を用いた大規模シミュレーションによる生体高分子の研究
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