- 2022 - 2028 膜構造の分解を基軸とした細胞内分解の研究
- 2020 - 2023 オートファジーによる核膜のタンパク質品質管理
- 2017 - 2022 水島細胞内分解ダイナミクスプロジェクト
- 2016 - 2018 オートファゴソーム外膜因子の同定と膜融合過程の解析
- 2015 - 2017 オートファジー研究の国際活動支援
- 2013 - 2017 オートファジーの集学的研究:分子基盤から疾患まで
- 2013 - 2017 オートファジーの生理・病態生理学的意義とその分子基盤
- 2015 - 2016 オートファゴソーム・リソソーム融合の分子メカニズムの解析
- 2014 - 2016 飢餓時のタンパク質合成に及ぼす細胞内分解系オートファジーの役割
- 2010 - 2015 独自の培養技術を用いた大腸上皮細胞機能解析と臨床応用技術開発
- 2013 - 2015 細胞内小器官の新規分解機構の研究
- 2010 - 2013 オートファジーの分子機構と生理機能に関する分野横断型研究
- 2009 - 2013 哺乳類細胞を用いたオートファゴソーム形成機構の解析
- 2010 - 2012 独自の培養技術を用いた大腸上皮細胞機能解析と腸炎細胞治療技術の基盤確立
- 2009 - 2011 オートファジーが口蓋と顎・顔面・頭蓋の形成に果たす役割を考える
- 2006 - 2010 オートファジーのダイナミクスと生理的意義の解析
- 2006 - 2010 タンパク質分解による細胞・個体機能の制御
- 2008 - 2009 アミノ酸変動を感知する細胞因子の同定と解析
- 2008 - 2008 オートファジーによる細胞内分解系の基礎医学的研究
- 2007 - 2008 初期胚のタンパク質分解におけるオートファジーの関与
- 2006 - 2008 栄養飢餓シグナルによるオートファジーの制御機構の解明
- 2006 - 2007 哺乳類オートファジーの制御因子の解析
- 2006 - 2007 内分泌系によるオートファジー調節機構の解析
- 2006 - 2007 オートファゴソームの数と大きさの制御機構
- 2006 - 2007 神経変性疾患の病態形成におけるオートファジーの役割
- 2006 - 2007 オートファジーによる細胞内クリアランス機構
- 2005 - 2006 オートファジーの定量的評価方法の開発
- 2005 - 2006 オートファジーによる細胞内タンパク質の品質管理
- 2005 - 2005 神経細胞内浄化機構としてのオートファジーの役割
- 2005 - 2005 ユビキチン・プロテアソーム系とオートファジー系:二つの主要分解系の接点と連携
- 2005 - 2005 タンパク質代謝におけるオートファジー(自食作用)の調節機構の解明
- 2004 - 2005 心臓におけるオートファジーによる分解の意義
- 2002 - 2005 哺乳動物におけるオートファジーの役割と制御機構
- 2003 - 2004 生細胞観察に基づいた哺乳動物オートファジーの膜動態の解析
- 2000 - 2004 オートファジーを担うApgシステム
- 1999 - 2002 オートファジーの分子機構と生理的役割
- Autophagy
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