- 2023 - 2026 希少海産魚アカメの局所個体群は孤立化していないか-「現在」の移住率を血縁から探る
- 2020 - 2023 アカメは“いま”何個体いるのか?-マルチコホートCKMR法による個体数推定
- 2019 - 2023 海水魚には本当に絶滅危惧種は少ないのか?-兄弟姉妹推定による絶滅危険度評価法開発
- 2018 - 2022 河川護岸の開削による震災湿地の水交換操作実験と物質循環・汽水生態系の応答解析
- 2017 - 2020 遺伝的多様性は種の存続のために必要か?-長生きのヘビースモーカーのゲノム分析
- 2017 - 2019 沿岸性魚類の遺伝的集団構造を推定する指標としての生息環境の有効性
- 2015 - 2019 魚類の個体群構造を簡易的に推定する手法の開発
- 2013 - 2017 巨大地震により生じた湾奥部汽水域の環境再生機構の解明と環境価値の評価
- 2012 - 2015 更新世の氷期ー間氷期サイクルが日本列島周辺魚類の分布形成に与えた影響の解明
- 2011 - 2013 養殖用として移入された外来海産魚による日本在来魚への遺伝的撹乱の解明
- 2008 - 2010 日本近海における海洋構造区分と対応した海産魚類の歴史生物地理学的研究
- 2008 - 2010 諫早湾締切・干拓は本当に有明海異変を引起こしたのか?
- 2006 - 2008 有明海湾奥部に存続する"大陸沿岸遺存生態系"の起原と特性
- 2003 - 2005 有明海スズキとタイリクスズキをめぐる資源生物学と保全生態学の融合
- 2003 - 2005 分子生物学的手法による魚卵・仔魚捕食者の特定と初期減耗研究への試行的適用
- 2001 - 2003 東シナ海及び隣接海域産魚類の資源管理の基礎としての分類学的研究
- 2001 - 2002 交雑個体群有明海スズキの遺伝的集団構造と両側回遊性
- 2001 - 2002 スズキの遺伝的多様性と個体群構造
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