- 2019 - 2023 2015年口永良部島噴火後の植生遷移を規定する地下部生態系の役割の解明
- 2018 - 2023 共生微生物を活用した絶滅危惧樹木の革新的育苗技術開発
- 2020 - 2022 菌根菌の埋土胞子は千年生きるのか:地質ボーリングコアを用いた挑戦
- 2016 - 2021 東南アジアの森林回復を支える菌根菌の探索
- 2017 - 2020 菌従属栄養植物の移植技術開発への挑戦
- 2015 - 2020 南西諸島地史に基づく固有種リュウキュウマツと菌根菌群集の関係解明
- 2015 - 2018 絶滅危惧樹木と共生微生物の生態的相互作用の解明
- 2015 - 2017 林床植物を支える土壌微生物環境の解明
- 2013 - 2017 東アジアの森林を支える菌根菌ネットワークの生態系機能の解明
- 2013 - 2016 東南アジアの持続的森林施業を実現する菌根菌の探索
- 2013 - 2015 森林の分断化が菌根菌の群集構造と遺伝的多様性に及ぼす影響の解明
- 2012 - 2015 南西諸島の自然林および人工林の外生菌根菌群集の解明
- 2012 - 2014 ストレスに対する植物の防御応答シグナルは菌根菌ネットワークを介して伝達されるか?
- 2010 - 2014 樹木細根系の物質循環と共生微生物の機能
- 2011 - 2012 樹木の成長を支える共生菌の交配育種技術の開発
- 2008 - 2011 中国の鉱山性荒廃地における微生物多様性を活用した植生回復に関する研究
- 2009 - 2010 菌根菌の埋土胞子バンクを探る
- 2007 - 2009 森林形成過程における樹木と土壌微生物の相互作用解析
- 2007 - 2009 アジアの荒廃地で森林再生に不可欠な菌根菌を探る
- 2004 - 2008 森林樹木種および外生菌根菌種の網羅的分子遺伝解析と分子生態データベースの構築
- 2002 - 2006 根圏における生物共生機能の解明
- 2004 - 2005 フィールド実験による樹木-菌根菌共生系の機能解析
- 2001 - 2003 DNA多型解析と安定同位体トレーサー試験による森林成立・再生過程の解明
- 2000 - 2001 土壌中の窒素形態が外生菌根菌の生育と樹木の成長に及ぼす影響
- 2000 - 2001 マツ材線虫病の病徴制御因子の分子生理学的解明
- 1998 - 2000 外生菌根菌を利用した育苗法・造林法の開発
- 1995 - 1997 新しい森林管理法「家系管理法」の確立
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