- 2019/07/12 - 第2回国際在来鶏および熱帯動物生産科学会議最優秀口頭発表賞
- 2018/12/07 - 日本DNA多型学会第27回学術集会大会長,日本DNA多型学会理事長 日本DNA多型学会優秀研究賞
- 2018/03/28 - 公益社団法人日本畜産学会理事長 第124回日本畜産学会大会優秀発表賞
- 2017/03/29 - 日本畜産学会 日本畜産学会優秀発表賞 PASによる、より簡便な分子種判別技術
- 2017/03/29 - 日本畜産学会 日本畜産学会優秀発表賞 日本におけるイノシシ(Sus scrofa)の遺伝的集団構造および分子系統解析
- 2016/09/25 - 日本哺乳類学会2016年度大会大会長 日本哺乳類学会2016年度つくば大会優秀賞(つくば賞)
- 2016/03/29 - 日本畜産学会 日本畜産学会優秀発表賞 簡易検出法による分子種判別方法の検討およびその利活用
- 2015/11/20 - 日本DNA多型学会第24回学術集会大会長日本DNA多型学会会長 日本DNA多型学会優秀研究賞
- 2014/09/28 - 日本家禽学会会長 The Journal of Poultry Science 優秀論文賞Outstanding Paper Award
- 2014 - 第13回(平成26年度)広島大学長表彰
- 2013/11/22 - 日本DNA多型学会 日本DNA多型学会優秀研究賞
- 2013/10/12 - 日本動物遺伝育種学会会長 日本動物遺伝育種学会学会長特別賞
- 2013/09/01 - 独立行政法人日本学術振興会理事長 日本学術振興会ひらめき☆ときめきサイエンス推進賞
- 2012/10/06 - 日本動物遺伝育種学会会長 日本動物遺伝育種学会 学会長特別賞
- 2011/12/02 - 日本DNA多型学会第20回学術集会大会長 大澤 資樹,日本DNA多型学会会長 水口 清 日本DNA多型学会優秀研究賞 日本DNA多型学会第20回学術集会において,「DigiTag2法を用いたブタSNPs解析システムの構築とその分子系統解析への応用」が極めて優秀であり,学問上貢献するところが大きいと評価
- 2002/10 - DNA多型学会学会優秀研究賞 ニワトリマレック病ウイルス抵抗性とNKr(Natural killer receptor)遺伝子多型との関連性
- 2001/11 - DNA多型学会学会・会長岸紘一郎 DNA多型学会学会優秀研究賞 キジ目家禽におけるミトコンドリアDNA全塩基配列の決定とその分子系統学的解析
- 2000/12 - DNA多型学会学会・会長岸紘一郎 DNA多型学会学会優秀研究賞 ミトコンドリアDNAの全長配列を用いたニワトリのドメスティケーションの解析
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