- 2021 - 2027 マングローブ生態系の全球的生物多様性観測の完成に向けた国際共同研究
- 2024 - 2026 侵略的外来種シナヌマエビの現状とイシガキヌマエビの保全に関する研究
- 2019 - 2022 琉球列島におけるクロダイ属種群の回遊パターンとコネクティビティー解析
- 2021 - 2022 令和3年度ソデイカ稚仔の遺伝的手法による種同定に関する委託研究
- 2020 - 2021 令和2年度水産重要種稚仔の遺伝的手法による種同定に関する委託研究
- 2019 - 2020 令和元年度沿岸性魚類の集団遺伝構造解明に関する委託研究
- 2018 - 2019 平成30年度マチ類の集団遺伝構造解明に関する委託研究
- 2017 - 2019 アキアミ類の分類学的再検討と系統群分離及び種分化
- 2017 - 2018 平成29年度マチ類の集団遺伝構造解明に関する委託研究
- 2014 - 2017 広域優良資源、アオリイカ類の生活史解明への異分野融合型アプローチ
- 2016 - 平成28年度マチ類の集団遺伝構造解明に関する委託研究
- 2015 - 平成27年度マチ類の集団遺伝構造解明に関する委託研究
- 2012 - 2014 水産重要魚類の生活史と遺伝的集団構造の解明
- 2013 - アオリイカ類の種類
- 2010 - 沖縄地方に来遊するアイゴ科魚類の遺伝的多様性維持機構の解明
- 2007 - 2008 亜熱帯島嶼域における統合的沿岸・流域・森林管理に関する研究推進事業(流域管理に関する研究)
- 2005 - 2006 ハマグリ地域集団の遺伝的多様性保全に関する研究
- 2003 - 2004 有用甲殻類の人工種苗放流と遺伝的管理のための分子集団遺伝学的研究
- 2004 - 沖縄島産シオマネキ個体群の絶滅回避に必要な保全遺伝学的研究
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