- 2022 - 2026 ほぼ全ての種間で自然雑種を形成する日本産カンガレイ類の種多様性創出機構の解明
- 2021 - 2026 熱帯の植物多様性の総点検:生物学的種概念に基づいてタイ産単子葉植物の種を捉え直す
- 2020 - 2025 汎熱帯海流散布植物の分布周縁における進化過程の解明
- 2018 - 2023 コバイモ類の種分化:花形態と系統の不一致の要因・独特な分布パターンの成因を探る
- 2016 - 2021 中国横断山脈とマレー半島をつなぐ植物回廊:植物の高い種多様性と南北移動史の解明
- 2013 - 2016 日本産単子葉植物全種の系統関係の解明ー分子に基づく種~目の一貫した分類体系の設立
- 2008 - 2010 双子葉植物から単子葉植物への進化の道すじの推定-単子葉植物の起源を探る第一段階-
- 2005 - 2006 単子葉植物の大規模分子系統樹の構築と形態・分子データの調和による新分類体系の設立
- 2003 - 2004 原始的単子葉植物の隔離分布による集団分化・種分化
- 2002 - 2004 原始被子植物の分子進化と生殖・繁殖機構の研究
- 2001 - 2002 原始の単子葉植物の種レベルの分子分類地理-表現型と遺伝子型の地理的変異の同調性・非同調性に着目して-
- 1999 - 2000 単子葉植物の初期進化の道筋をたどる-表現型進化と遺伝子型進化の非同調性を探る第一段階として-
- 1998 - 1999 シーボルト収集の日本産植物標本と関連資料類の調査研究
- 1996 - 1997 アジアの多雨林におけるフタバガキ科とブナ科のニッチ分化
- 1996 - 1996 アマドコロ属(ユリ科)植物のtrnK遺伝子の塩基配列解析による系統の構築
- 1992 - 1993 照葉樹林構成種の遺伝的多様性と家系分析をもとにした更新過程の解析
- 1992 - 1993 サヤン・アルタイ山脈の高山フロラに関する種生物学的研究
- 1989 - 1991 北アメリカ大陸におけるアジア関連温帯要素のフロラ並びに生態に関する調査研究
- 単子葉植物の分子系統学
- ユリ科植物の種生物学
- 被子植物の系統分類学
- Flora of China, Thailand and Japan
- Biosystematics of Liliaceae
- Phylogeny and Taxonomy of the Angiosperms
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