研究者
J-GLOBAL ID：200901073901302273   更新日: 2024年08月25日

倉田 博之

クラタ ヒロユキ | Kurata Hiroyuki
所属機関・部署：
九州工業大学

九州工業大学 について


ホームページURL (2件)： http://labo.bio.kyutech.ac.jp/~kurata/index.html ,  http://labo.bio.kyutech.ac.jp/~kurata/index-e.html
研究分野 (3件)： バイオ機能応用、バイオプロセス工学 ,  医用システム ,  生命、健康、医療情報学
研究キーワード (6件)： 人工知能 ,  シミュレーション ,  設計 ,  生物化学工学 ,  バイオインフォマティクス ,  システム生物学
競争的資金等の研究課題 (22件)：
  • 2013 - 現在 翻訳後・分泌プロセスを含む生化学ネットワークに基づく抗体生産モデルの開発
  • 2022 - 2027 オミックスを統合するヒト全身代謝マルチスケール動力学モデルの開発
  • 2019 - 2022 深層ニューラルネットワークによる構造情報に基づくコンピュータ支援創薬
  • 2019 - 2022 臓器連関システムのマルチスケール数理モデルの開発と糖尿病の病態解析
  • 2017 - 2020 脊損患者の再生治療の有効性を予測する神経ネットワークモデルの開発
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論文 (197件)：
  • Hiroyuki Kurata, Md. Harun-Or-Roshid, Sho Tsukiyama, Kazuhiro Maeda. PredIL13: Stacking a variety of machine and deep learning methods with ESM-2 language model for identifying IL13-inducing peptides. PLOS ONE. 2024. 19. 8. e0309078-e0309078
  • Hiroyuki Kurata, Md Harun-Or-Roshid, Md Mehedi Hasan, Sho Tsukiyama, Kazuhiro Maeda, Balachandran Manavalan. MLm5C: A high-precision human RNA 5-methylcytosine sites predictor based on a combination of hybrid machine learning models. Methods. 2024
  • Kazuhiro Maeda, Masashi Hirano, Taka Hayashi, Midori Iida, Hiroyuki Kurata, Hiroshi Ishibashi. Elucidating Key Characteristics of PFAS Binding to Human Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Alpha: An Explainable Machine Learning Approach. Environmental science & technology. 2023
  • Md Harun-Or-Roshid, Kazuhiro Maeda, Phan Thi Le, Balachandran Manavalan, Hiroyuki Kurata. Stack-DHUpred: Advancing the accuracy of dihydrouridine modification sites detection via stacking approach. Computers in Biology and Medicine. 2023. 107848-107848
  • Kazuhiro Maeda, Hiroyuki Kurata. Automatic Generation of SBML Kinetic Models from Natural Language Texts Using GPT. International Journal of Molecular Sciences. 2023. 24. 8. 7296-7296
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MISC (20件)：
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特許 (2件)：
  • Simulator, Method and Recording Medium For Simulating a Biological System
  • 生命システムシミュレータ及び生命システムシミュレーション方法並びに記録媒体
書籍 (10件)：
  • バイオデザイン日本語版
    バイオの杜 2015
  • システム工学的アプローチを用いた細胞モデリング,In 抗体医薬における細胞構築・培養・ダウンストリームのすべて(ファインケミカルシリーズ)
    シーエムシー出版 2015
  • Modularity of biochemical networks, Technological Advancements in Biomedicine for Healthcare Applicationsm. In: Biomedical Engineering and Cognitive Neuroscience for Healthcare: Interdisciplinary Applications
    IGI Global 2012
  • システム工学的アプローチを用いた細胞設計,In 抗体医薬のための細胞構築と培養技術(ファインケミカルシリーズ),監修:大政健史
    シーエムシー出版 2010
  • コンピュータエイデッドなバイオシステムの構築, In: バイオプロセスシステム
    シーエムシー出版 2009
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講演・口頭発表等 (123件)：
  • 嫌気好気条件下での回分培養大腸菌の代謝動力学モデル
    (化学工学会第83回年会 2018)
  • A critical evaluation of bioinformatics tools for the prediction of protein succinylation sites
    (Conference of Informatics In Biology, Medicine and Pharmacology (IIBMP2017) 2017)
  • スマートセルインダストリーを指向した中心代謝系の定量的モデル
    (第6回生命医薬情報学連合大会 2017)
  • ネガティブフィードバック構造に基づく生物振動子の周期調節可能性の解析
    (情報処理学会バイオ情報学研究会研究報告 2017)
  • 中心代謝反応系のコンピュータモデル:酸素制限下での発酵性能
    (情報処理学会バイオ情報学研究会研究報告 2017)
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Works (15件)：
  • BioFNet 生物ネットワーク機能のデータベース
    2013 - 現在
  • ゲノムスケールヒト代謝のdFBAモデル開発と多剤併用療法への応用
    2016 - 2019
  • ノイズが引き起こす確率的挙動を考慮した生体分子ネットワークの実用的設計
    2014 - 2017
  • バーチャルメタボリズム:代謝システムの標準ダイナミックモデル開発
    2013 - 2016
  • メタボロームを代謝ネットワークへ統合する数理モデルの開発
    2011 - 2013
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学歴 (2件)：
  • - 1993 東京大学 工学系研究科 化学工学専攻
  • - 1988 東京大学 工学部 化学工学科
学位 (1件)：
  • 博士(工学) (東京大学)
経歴 (8件)：
  • 2019/04/01 - 現在 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系 教授
  • 2012/04/01 - 現在 九州工業大学 バイオメディカルインフォマティクス研究開発センター センター長
  • 2008/04/01 - 2019/03/31 九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命情報工学研究系 教授
  • 2011/04/01 - 2012/03/31 九州工業大学 情報工学部 生命情報工学科長
  • 2006/04/01 - 2008/03/31 九州工業大学 情報工学部 教授
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所属学会 (5件)：
化学工学会 ,  日本分子生物学会 ,  日本生物工学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会 ,  情報処理学会
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