田村武幸

タムラタケユキ | Tamura Takeyuki

所属機関・部署：
職名：准教授
ホームページURL (2件)： https://kdb.iimc.kyoto-u.ac.jp/profile_private/ja.46d2781b52c27463.html , https://kdb.iimc.kyoto-u.ac.jp/profile_private/en.46d2781b52c27463.html

研究分野 (3件)：情報学基礎論 , 生命、健康、医療情報学 , 知能情報学

研究キーワード (7件)：数理代謝工学 , バイオインフォマティクス , アルゴリズム , 代謝ネットワーク , 遺伝子ネットワーク , ブーリアンモデル , 流束均衡解析

競争的資金等の研究課題 (7件)：

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論文 (85件)：

Takeyuki Tamura. MetNetComp: Database for minimal and maximal gene-deletion strategies for growth-coupled production of genome-scale metabolic networks. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (early access version)). 2023
Takeyuki Tamura, Ai Muto-fujita, Yukako Tohsato, Tomoyuki Kosaka. Gene Deletion Algorithms for Minimum Reaction Network Design by Mixed-Integer Linear Programming for Metabolite Production in Constraint-Based Models: gDel_minRN. Journal of Computational Biology. 2023. 30. 5. 553-568
Takeyuki Tamura. Trimming gene deletion strategies for growth-coupled production in constraint-based metabolic networks: TrimGdel. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics. 2023. 20. 2. 1540-1549
Yier Ma, Takeyuki Tamura. Dynamic Solution Space Division-Based Methods for Calculating Reaction Deletion Strategies for Constraint-Based Metabolic Networks for Substance Production: DynCubeProd. Frontiers in Bioinformatics. 2021. 1
田村武幸. 有用物質生産のための代謝ネットワーク設計. JSBi Bioinformatics Review. 2021. 1. 2. 37-46

MISC (26件)：

Yier Ma, Takeyuki Tamura. RatGene: Gene deletion-addition algorithms using growth to production ratio for growth-coupled production in constraint-based metabolic networks. 2024
Ziwei Yang, Takeyuki Tamura. DBgDel: Database-Enhanced Gene Deletion Framework for Growth-Coupled Production in Genome-Scale Metabolic Models. 2024
Cheng Xiaoqing, Tamura Takeyuki, Ching Wai-Ki, Akutsu Tatsuya. On the minimum number of genes required for discriminating steady states under a Boolean model. 情報処理学会第51回バイオ情報学研究会. 2017
田村武幸. ブーリアンモデルによる生体ネットワークの統合的な数理モデル化と制御. 京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書. 2017. 2017. 33-33
Akutsu Tatsuya, Tamura Takeyuki. A-008 On Observability of Steady States in a Boolean Network. 情報科学技術フォーラム講演論文集. 2014. 13. 1. 57-58

書籍 (5件)：

講演・口頭発表等 (36件)：

MetNetComp: ゲノムスケール代謝ネットワークにおける増殖連動生産のための極小と極大の遺伝子削除戦略のデータベース
(第12回生命医薬情報学連合大会 2023)
精密発酵のための数理代謝工学とデータベース開発
(第五回細胞農業会議 2023)
Trimming gene deletion strategies for growth-coupled production in constraint-based metabolic networks: TrimGdel
(第11回生命医薬情報学連合大会 2022)
数理代謝工学による細胞の最適化
(第四回細胞農業会議 2022)
Gene deletion algorithms for minimum reaction network design by mixed-integer linear programming for metabolite production in constraint-based models: gDel_minRN
(第10回生命医薬情報学連合大会 2021)

学歴 (3件)：

学位 (1件)：

経歴 (3件)：

委員歴 (5件)：

受賞 (1件)：

所属学会 (6件)：

情報処理学会 , 電子情報通信学会 , 日本バイオインフォマティクス学会 , 日本オペレーションズ・リサーチ学会 , IEEE , NPOバイオインフォマティクス・ジャパン

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田村 武幸