- 2019 - 2024 淡水・沿岸魚類の系統地理構造に基づくインドネシア島嶼域の生物地理区境界線の検証
- 2017 - 2022 「カエル糊」の適応進化の解明を目的としたフクラガエル類の自然史研究
- 2018 - 2019 タイ国沿岸動物の生物多様性の解明に向けた国際連携の強化
- 2015 - 2019 カメ類のミトコンドリア遺伝子と核遺伝子の大量比較に基づく分子進化特性の解明
- 2017 - 2018 名古屋市における淡水貝類のDNAバーコーディング
- 2013 - 2016 ミトゲノム解析と核マーカータイピングによる日本産ハブ属3種の遺伝的集団構造の研究
- 2014 - 2015 インドネシア共和国ブラウィジャヤ大学との交流協定締結に向けた理学・生物多様性分野を中心としたフィジビリティスタディ
- 2012 - 2014 爬虫類ミトコンドリアにおける遺伝子発現様式の多様性と進化
- 2010 - 2012 多数の核ゲノムコード遺伝子座を標的にした分子系統解析の試み
- 2008 - 2012 次世代ミトコンドリアゲノミクスによるヤモリ類の系統解析
- 2008 - 2012 インド亜大陸の衝突と気候変動による淡水魚類の進化と生物地理の解明
- 2006 - 2007 Channa属タイワンドジョウ類の分類に関する研究
- 2005 - 2007 中生代の大陸移動とトカゲ類の系統分岐の関係
- 2006 - 2007 ナイルスッポンの種の保全に向けた分子系統学的研究
- 2002 - 2005 爬虫類全科間の系統関係と分岐年代の推定:ミトコンドリアゲノミクスによるアプローチ
- 2001 - 2005 分子系統学および化石記録に基づく日本の生物相の起源と形成プロセスの研究
- 2002 - 2003 アジアロワナの保全に有効なDNAマーカーの開発
- 2000 - 2002 ミトコンドリアゲノム全塩基配列を用いた有鱗類の高次系統関係の解明
- 2000 - 2001 魚類のミトコンドリア・ゲノミクス:mtDNA全塩基配列決定に基づく解析
- 1998 - 1999 魚類のミトコンドリアDNAの進化特性と集団・系統解析への適用
- 1997 - 1999 新生代の主要な環境変動に対応した大量種分化の研究
- 1997 - 1998 古生代・中生代における海洋環境変動と生物進化
- 1996 - 1997 現生生物に残る先カンブリア代の記憶を呼び戻す試み
- 1995 - 1996 ヘビ類ミトコンドリア転移RNA遺伝子の配置変動に関する研究
- 1995 - 1996 先カンブリア代の地球活動に及ぼした生物の役割の解明
- 1991 - 1993 The evolution of mitochondrial tRNAs in birds
- 1990 - 1991 特殊構造を持つミトコンドリアtRNAの遺伝暗号解読能
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