- 2018 - 2024 全ライフコースおよび次世代におよぶエピジェネティック記憶の研究
- 2015 - 2021 3D形態ロジックの国際共同研究を加速するバーチャル研究所
- 2015 - 2020 生物の3D形態を構築するロジック
- 2015 - 2020 細胞集団の回転運動による3D形態形成のロジック
- 2013 - 2018 DNA3次元クロマチン動態の理解と予測
- 2013 - 2017 メダカゲノムを用いた発生重要遺伝子のエピジェネティック発現制御機構
- 2010 - 2016 秩序形成のロジックの総括研究
- 2010 - 2016 組織が創るマクロでロバストなコンパートメントの成立・維持のロジック 計画研究
- 2010 - 2015 ミクロからマクロへ階層を超える秩序形成のロジック
- 2011 - 2014 クロマチン構造とDNAメチル化が誘導する進化
- 2012 - 2014 メダカ耳石形成変異体を用いたバイオミネラルの結晶核形成メカニズムの解明
- 2008 - 2011 メダカ遺伝学を用いた脊椎動物体軸形成機構の解析
- 2005 - 2010 メダカゲノム・EST情報と突然変異体を駆使した発生・再生システムの解明
- 2006 - 2008 メダカ突然変異体を用いた左右軸決定機構の解析
- 2001 - 2005 脊椎動物モデルとしての小型魚類の発生の遺伝子システムの解明
- 2002 - 2004 メダカ突然変異体を用いた脊椎動物器官形成の発生遺伝学的解析
- 1998 - 2004 脊椎動物中枢神経系における前後軸・背腹軸の成立機構
- 2001 - 2004 頭部形成の分子機構
- 2000 - 2004 体節形成プログラムの進化-魚類を用いた発生遺伝学的解析-
- 1998 - 2004 脳・神経系形成における誘導のメカニズムの解明
- 2000 - 2002 トランスジェニックゼブラフィッシュを用いた複合汚染水の総合的毒性評価法の開発
- 1998 - 2000 ゼブラフィッシュ突然変異体を用いた中枢神経の背腹軸形成機構の解析
- 2000 - 2000 ゼブラフィッシュ遺伝学によるミッドラインシグナル伝達機構の解析
- 1998 - 1999 ゼブラフィッシュ初期胚における中枢神経系の前後軸成立機構の解析
- 1997 - 1998 ゼブラフィッシュ初期胚における頭部領域の決定機構
- 1996 - 1998 ゼブラフィッシュ初期胚を用いた神経特異的遺伝子の発現制御機構の解析
- 1997 - 1998 メダカのAC様トランスポゾンによる小型実験魚類の遺伝子改変系構築
- 1996 - 1998 ゼブラフイッシュ・メダカ胚操作による神経機能解析
- 1996 - 1998 動物発生における形成中心の分子的機能に関する比較発生学的総合研究
- 1993 - 1996 ゼブラフィッシュ初期胚特異的転写因子 ZFPOU2の機能解析
- 1993 - 1996 ES細胞を用いた未知遺伝子の検索
- 1988 - 1989 分子生物学的手法を用いた前立腺誘導物質及びその遺伝子の検索
- 1987 - 1988 モザイク前立腺形成におけるアンドロゲンレセプター欠損細胞の動態
- 脊椎動物初期発生における細胞運命決定機構
- Development of Vertebrate certral Nervous System
- Cell Fate Determination in Vertebrate Embryogenesis
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