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J-GLOBAL ID：200902202053291531   整理番号：08A0254213

亜硫酸水素塩を用いるショットガン法によるシロイヌナズナゲノムの塩基配列解析で明らかになったDNAメチル化パターン

Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning

著者 (10件)： COKUS Shawn J. (Univ. California at Los Angeles, California, USA) ,  FENG Suhua (Univ. California at Los Angeles, California, USA) ,  ZHANG Xiaoyu (Univ. California at Los Angeles, California, USA) ,  CHEN Zugen (Univ. California at Los Angeles, California, USA) ,  MERRIMAN Barry (Univ. California at Los Angeles, California, USA) ,  HAUDENSCHILD Christian D. (Illumina Inc., California, USA) ,  PRADHAN Sriharsa (New England BioLabs, Massachusetts, USA) ,  NELSON Stanley F. (Univ. California at Los Angeles, California, USA) ,  PELLEGRINI Matteo (Univ. California at Los Angeles, California, USA) ,  JACOBSEN Steven E. (Univ. California at Los Angeles, California, USA)
資料名： Nature (London)  (Nature (London))
巻： 452  号： 7184  ページ： 215-219  発行年： 2008年03月13日 
JST資料番号： D0193B  ISSN： 0028-0836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAのシトシンメチル化は,遺伝子発現の調節,またトランスポゾンや反復塩基配列のサイレンシングに重要な働きをする。シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)ゲノムの最近の研究によって,多くの内在性遺伝子はプロモーター内か転写される領域内のどちらか一方がメチル化されていることや,遺伝子のメチル化が転写レベルと強く関連していることがわかった。しかし,植物ではメチル化にさまざまな型があってそれを制御する遺伝子経路も異なり,またどの植物ゲノムについても,個々のシトシンのメチル化状態に関する詳しい情報は得られていない。このような情報を得るために,我々はゲノムDNAの亜硫酸水素塩処理とIllumina社の1G Genome Analyser,Solexa塩基配列決定技術を用いた超ハイスループット塩基配列決定法とを組み合わせて,シロイヌナズナゲノムのメチル化シトシンの地図を塩基対1個の分解能で作製した。BS-Seqと呼ばれるこの方法によれば,従来のマイクロアレイ法とは異なって,特定の塩基配列内にあるシトシンのメチル化をゲノム規模で詳細に調べられる。本論文では,シロイヌナズナゲノム中のこれまで調べることができなかった配列要素内のメチル化について述べ,DNAメチル化配列の組成と分布を解析する。また,さまざまなDNAメチル化変異体がゲノム全体のメチル化パターンに及ぼす影響についても明らかにし,我々の新たに開発したライブラリー構築と計算的手法とが,マウスなどの大型ゲノムにも応用可能であることを実証する。Copyright Nature Publishing Group 2008

シソーラス用語： *ゲノム ,  メチル化 ,  塩基対 ,  ヌクレオチド配列 ,  亜硫酸水素塩 ,  染色体地図 ,  *DNAメチル化 ,  シロイヌナズナ
準シソーラス用語： Arabidopsis thaliana

分類 (2件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： 亜硫酸水素塩 ,  ショットガン ,  シロイヌナズナ ,  ゲノム ,  塩基配列 ,  解析 ,  DNAメチル化