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J-GLOBAL ID：200902202508147477   整理番号：08A0269731

多重化の中で数百サンプルのpyrosequencingに対する誤り訂正バーコード付与プライマー

Error-correcting barcoded primers for pyrosequencing hundreds of samples in multiplex

著者 (5件)： HAMADY Micah (Univ. Colorado, Colorado, USA) ,  WALKER Jeffrey J (Univ. Colorado, Colorado, USA) ,  HARRIS J Kirk (Univ. Colorado Denver and Health Sci. Center, Colorado, USA) ,  GOLD Nicholas J (Univ. Colorado, Colorado, USA) ,  KNIGHT Rob (Univ. Colorado, Colorado, USA)
資料名： Nature Methods  (Nature Methods)
巻： 5  号： 3  ページ： 235-237  発行年： 2008年03月 
JST資料番号： W1413A  ISSN： 1548-7091  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： pyrosequencingによる細菌群落の培養非依存性で,16S rDNAに基づいた分析に使用するプライマーにて大量のrDNA測定用プライマーの誤りが訂正できる誤り訂正バーコード付与プライマーを構築した。Hammingコードと呼ばれている誤り訂正コードを使用した。最大セット1544種類のバーコードを選び取るため,最大数の有効な候補バーコードとなる核酸塩基4種類のコード化計画を選んだが,その計画を詳述した。選択したバーコード付与プライマーを用いて大規模の並行pyrosequencing測定装置により1544サンプルまでを単回操作で同時に実施が可能であった。本法により環境サンプル286種類での微生物群落を表している細菌16S rDNA配列を処理して92%のサンプル帰属誤りを訂正した。また,Sanger配列決定により現在まで配列決定された数とほぼ同数の16SrDNAを特性化した。

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *ヌクレオチド配列 ,  バーコード ,  プライマー【遺伝】 ,  *細菌 ,  *DNA【核酸】 ,  核酸塩基 ,  PCR法 ,  標識法 ,  分析キット ,  粒状材 ,  常磁性体 ,  *16S rDNA ,  磁性ビーズ ,  *微生物
準シソーラス用語： Ampure磁性精製ビーズ ,  Hammingコード ,  *pyrosequencing ,  Quant-iT PicoGreen dsDNA Assayキット ,  誤り訂正バーコード付与プライマー ,  識別標識

分類 (2件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 多重化 ,  サンプル ,  誤り訂正 ,  バーコード ,  プライマー