文献

J-GLOBAL ID：200902206473978651   整理番号：09A0004327

新法と慎重に選択されたオーソログによる17種の細菌門の系統発生学構築

Phylogenetic construction of 17 bacterial phyla by new method and carefully selected orthologs

著者 (9件)： HORIIKE Tokumasa (Dep. of Integrated Genetics, National Inst. of Genetics, Mishima, Shizuoka, 411-8540, JPN) ,  MIYATA Daisuke (Dep. of Commerce and Economics, Chiba Univ. of Commerce, Ichikawa, Chiba 272-8512, JPN) ,  HAMADA Kazuo (Radiance Ware Co., IOC Honjo-Waseda, Waseda Res. Park, Honjo Saitama, 367-0035, JPN) ,  SARUHASHI Satoshi (Dep. of Integrative Bioscience and Biomedical Engineering, Graduate School of Sci. and Engineering, Waseda Univ. ...) ,  SHINOZAWA Takao (Dep. of Integrative Bioscience and Biomedical Engineering, Graduate School of Sci. and Engineering, Waseda Univ. ...) ,  KUMAR Sudhir (Center for Evolutionary Functional Genomics, The Biodesign Inst., Arizona State Univ., Tempe, Arizona 85287-5301, USA) ,  CHAKRABORTY Ranajit (Center for Genome Information, Dep. of Environmental Health, Univ. of Cincinnati, Cincinnati, Ohio 45267-0056, USA) ,  KOMIYAMA Tomoyoshi (Dep. of Clinical Pharmacology, Tokai Univ. School of Medicine, Kanagawa, 259-1193, JPN) ,  TATENO Yoshio (Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Inst. of Genetics, Mishima, Shizuoka, 411-8540, JPN)
資料名： Gene  (Gene)
巻： 429  号： 1-2  ページ： 59-64  発行年： 2009年01月15日 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本報で著者らは真正菌と古細菌を含む17種の細菌門の系統樹を新法とそれらのゲノムから慎重に選択した102のオーソログを用いて作成した。系統発生構築における重大な攪乱因子の一つはアウトパラログの存在で,それらは発見や切捨てが容易に出来ない。著者らの方法では,問題となっている遺伝子の系統樹を構築し,その系統樹の中でクラスター化された遺伝子を調べることによって,アウトパラログが検出され,除去された。また2つの系統樹のトポロジーと樹形を比較する方法,ComTree,も開発した。構築した系統樹にComTreeを適用して樹の結節を支えるオーソログの相対数をコンピューターで算出した。この数値はPositive ortholog ratio(POR)と呼ばれ,よく用いられるブートストラップ値とは概念的にも方法論的にも異なっていた。本研究はブートストラップ試験の欠点を具体的に示した。細菌系統樹分析の結果は,サーモトガ門やアキフェックス門のような超好熱性細菌が真正細菌目研究において他よりも早期に枝分かれしたことを示す過去の研究と一致した。この結果が好熱性古生菌または中温性古生菌を系統樹根の決定に用いるかどうかと一致することは注目に値する。超高熱真正細菌の最も早い枝分かれは解糖やヌクレオチドとアミノ酸合成のような基本的代謝過程に関与する遺伝子によって支持されている。Copyright 2008 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *系統樹 ,  *古細菌 ,  クラスタ化 ,  遺伝子 ,  ブートストラップ ,  *生物進化
準シソーラス用語： *真性細菌 ,  オーソログ

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： オーソログ ,  細菌 ,  系統発生学 ,  構築