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J-GLOBAL ID：200902210337517591   整理番号：08A0410375

エピジェネティックス: バーチャルイメージ制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法(Vi-RLGS)の応用

Epigenetics: application of virtual image restriction landmark genomic scanning (Vi-RLGS)

著者 (3件)： KOIKE Kuniaki (RIKEN, Saitama, JPN) ,  MATSUYAMA Tomoki (RIKEN, Saitama, JPN) ,  EBISUZAKI Toshikazu (RIKEN, Saitama, JPN)
資料名： FEBS Journal  (FEBS Journal)
巻： 275  号： 8  ページ： 1608-1616  発行年： 2008年04月 
JST資料番号： B0206B  ISSN： 1742-464X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAメチル化によるエピジェネティック変異検索における制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法(RLGS)の欠点は,RLGSスポットの標的DNAが微量であり,多くの非標識化DNA断片存在のため多型スポットの同定が難しいことである。この問題を克服するために,コンピュータシミュレーションソフトウェア(RLGSSIM)を用いたスポット同定の新規in silicoシステムを開発した。各生物の完全ゲノム配列を実際のRLGSパターンとシミュレーションしたRLGSパターンで比較し,得られたバーチャルイメージRLGS(Vi-RLGS)よりDNA断片長の特性化が可能となる。Arabidopsis thalianaへの適用でVi-RLGSはマイクロアレイとは異なるスペクトルを持つ変異を検出でき,DNA断片中の遺伝的変異およびDNA修飾を持つエピジェネティック変化の検出に有効であることを示した。

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *メチル化 ,  突然変異 ,  遺伝子型 ,  計算機シミュレーション ,  ヌクレオチド配列 ,  *DNAメチル化 ,  DNA多型 ,  in silico ,  シロイヌナズナ ,  *RLGS法 ,  計算機利用 ,  利用
準シソーラス用語： Arabidopsis thaliana ,  *RLGS

分類 (1件)： 遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (6件)： エピジェネティックス ,  バーチャル ,  イメージ ,  制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法 ,  RLGS ,  応用