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J-GLOBAL ID：200902223465425424   整理番号：09A1196244

酸素及硫黄へのグリコシド結合まわりのΨ及びΦの力場パラメータ

Force-Field Parameters of the Ψ and Φ Around Glycosidic Bonds to Oxygen and Sulfur Atoms

著者 (2件)： SAITO Minoru (Hirosaki Univ., Aomori, JPN) ,  OKAZAKI Isao (Hirosaki Univ., Aomori, JPN)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 30  号： 16  ページ： 2656-2665  発行年： 2009年12月30日 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質ー糖及び蛋白質ー阻害剤コンプレックスの分子動力学自由エネルギー計算への応用を目的に,単純な糖モデルを使い,グリコシド結合軸回りのねじれの力場バラメータを求めた。QM法により求めた全ポテンシャルエネルギからMM法により求めたねじりエネルギ成分以外のエネルギを差し引いたものとして定義される残余エネルギとねじれ回転角の関係をグラフ化した。そして,力場関数をこの残余エネルギ曲線にフィッティングさせることにより,力場パラメータを求めた。グリコシド酸素の場合,この力場パラメータを使って求めたねじり回転角の関数としてのポテンシャル曲線は,QM法により求めた断熱ポテンシャルエネルギー曲線をよく再現するものであり,最近開発されたGLYCAM力場を使ったものよりも良かった。

シソーラス用語： *グリコシド化 ,  *化学結合 ,  結合角 ,  *ねじり ,  回転 ,  *ポテンシャルエネルギー ,  酸素 ,  硫黄 ,  分子内力学 ,  量子論 ,  パラメータ ,  ポテンシャル ,  *力の場 ,  計算機シミュレーション ,  ねじれ角 ,  断熱ポテンシャル ,  *エネルギー ,  *力学量 ,  計算機利用 ,  利用
準シソーラス用語： MM法 ,  *グリコシド結合 ,  量子力学

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J) ,  グリコシド,配糖体  (CF10057O)

タイトルに関連する用語 (6件)： 酸素 ,  硫黄 ,  グリコシド結合 ,  まわり ,  力場 ,  パラメータ