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J-GLOBAL ID：200902225162624664   整理番号：08A0882259

Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385の極端に速いpyrosequencingはミコール酸を欠いている親油性コリネバクテリウムの生理学に洞察を示す

Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids

著者 (17件)： TAUCH Andreas (Inst. fuer Genomforschung und Systembiologie, Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet Bielefeld ...) ,  SCHNEIDER Jessica (Inst. fuer Genomforschung und Systembiologie, Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet Bielefeld ...) ,  SCHNEIDER Jessica (Bioinformatics Resource Facility, Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet Bielefeld, Universitaetsstrasse 25 ...) ,  SZCZEPANOWSKI Rafael (Inst. fuer Genomforschung und Systembiologie, Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet Bielefeld ...) ,  TILKER Alexandra (Inst. fuer Innovationstransfer an der Universitaet Bielefeld GmbH, Universitaetsstrasse 25, D-33615 Bielefeld, DEU) ,  VIEHOEVER Prisca (Lehrstuhl fuer Genomforschung, Fakultaet fuer Biologie, Universitaet Bielefeld, Universitaetsstrasse 27, D-33615 ...) ,  GARTEMANN Karl-heinz (Lehrstuhl fuer Gentechnologie und Mikrobiologie, Fakultaet fuer Biologie, Universitaet Bielefeld ...) ,  ARNOLD Walter (Inst. fuer Innovationstransfer an der Universitaet Bielefeld GmbH, Universitaetsstrasse 25, D-33615 Bielefeld, DEU) ,  BLOM Jochen (Bioinformatics Resource Facility, Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet Bielefeld, Universitaetsstrasse 25 ...) ,  BRINKROLF Karina (Inst. fuer Genomforschung und Systembiologie, Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet Bielefeld ...) ,  BRINKROLF Karina (International NRW Graduate School in Bioinformatics and Genome Res., Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet ...) ,  BRUNE Iris (Inst. fuer Genomforschung und Systembiologie, Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet Bielefeld ...) ,  GOETKER Susanne (Inst. fuer Genomforschung und Systembiologie, Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet Bielefeld ...) ,  WEISSHAAR Bernd (Lehrstuhl fuer Genomforschung, Fakultaet fuer Biologie, Universitaet Bielefeld, Universitaetsstrasse 27, D-33615 ...) ,  GOESMANN Alexander (Bioinformatics Resource Facility, Centrum fuer Biotechnologie, Universitaet Bielefeld, Universitaetsstrasse 25 ...) ,  DROEGE Marcus (Roche Applied Sci., Nonnenwald 2, D-82372 Penzberg, DEU) ,  PUEHLER Alfred (Lehrstuhl fuer Genetik, Fakultaet fuer Biologie, Universitaet Bielefeld, Universitaetsstrasse 25, D-33615 Bielefeld, DEU)
資料名： Journal of Biotechnology  (Journal of Biotechnology)
巻： 136  号： 1-2  ページ： 22-30  発行年： 2008年08月31日 
JST資料番号： A0456C  ISSN： 0168-1656  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Corynebacterium kroppenstedtiiは細胞包膜にてミコール酸と称する特徴的なα-アルキル-β-ヒドロキシ長鎖脂肪酸を欠いている親油性コリネバクテリウム種である。著者らは本報で,ヒト喀痰から初めて分離された基準株C.kroppenstedtii DSM44385のpyrosequencingで得られたゲノムデータの生物情報科学的分析を報告する。Genome Sequencer FLXシステムによる単回作業は全サイズ2446804bpの隣接ゲノム配列内に集合された110018974検出塩基の560248ショットガン読み取りを示した。完全ゲノム配列の自動注釈は2122のコード化配列の予測となり,それの29%が今まで配列決定した病原性コリネバクテリウム属からの予測蛋白質と比較したときにC.kroppenstedtiiに対して特異的と考えられた。ゲノムデータのこの比較含有量分析は糖質取り込み及び中心炭水化物代謝に関与した遺伝子の大きなレパートリー,並びにイソプレノイド生合成に対するメバロン酸経路の存在を示した。C.kroppenstedtiiのミコール酸欠如及び親油性ライフスタイルは明らかに遺伝子喪失により引き起こされているが,これにはコンデンサーゼ遺伝子群,ミコール酸レダクターゼ遺伝子及び微生物I型脂肪酸シンターゼ遺伝子を含んでいた。脂肪酸の分解に関与する完全なβ-酸化経路がゲノムに存在している。ゲノムデータの評価は親油性がC.kroppenstedtiiの病原性に関連した主な特徴であることを示した。Copyright 2008 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *Corynebacterium ,  細胞生理 ,  標準 ,  *疎水性 ,  *ミコール酸 ,  ヌクレオチド配列 ,  生体膜 ,  ヒト ,  喀痰 ,  臨床分離菌 ,  in vitro実験 ,  ゲノム ,  情報科学 ,  生物学 ,  システム ,  核酸塩基 ,  遺伝子 ,  病原性 ,  タンパク質 ,  選択性 ,  炭水化物 ,  代謝 ,  取込 ,  生合成 ,  代謝経路 ,  ライフスタイル ,  欠失突然変異 ,  突然変異体 ,  クラスタ ,  分析機器 ,  遺伝学実験技術
準シソーラス用語： *Corynebacterium kroppenstedtii ,  Genome Sequencer FLXシステム ,  *pyrosequencing ,  β酸化経路 ,  イソプレノイド生合成 ,  ゲノム配列 ,  コンデンサーゼ遺伝子群 ,  ショットガン読み取り ,  ビオチン生合成 ,  ミコール酸レダクターゼ遺伝子 ,  メバロン酸経路 ,  遺伝子クラスタ ,  外膜 ,  基準株 ,  親油性 ,  生物情報科学 ,  糖質 ,  読み取り枠 ,  微生物I型脂肪酸シンターゼ遺伝子 ,  包膜

分類 (3件)： 微生物感染の生理と病原性  (EG03053T) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物検査  (GC02030H)

タイトルに関連する用語 (6件)： Corynebacterium ,  ミコール酸 ,  親油性 ,  コリネバクテリウム ,  生理学 ,  洞察