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J-GLOBAL ID：200902246708950441   整理番号：08A0310011

ペプチドアレイ及びファジー神経回路網アルゴリズムを用いた細胞に基づく分析による細胞相互作用ペプチドの計算機支援スクリーニング及びデザイン

Computationally assisted screening and design of cell-interactive peptides by a cell-based assay using peptide arrays and a fuzzy neural network algorithm

著者 (5件)： KAGA Chiaki (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  OKOCHI Mina (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  TOMITA Yasuyuki (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  KATO Ryuji (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  HONDA Hiroyuki (Nagoya Univ., Nagoya, JPN)
資料名： BioTechniques  (BioTechniques)
巻： 44  号： 3  ページ： 393-395,398-402  発行年： 2008年03月 
JST資料番号： C0930C  ISSN： 0736-6205  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 培養細胞-ペプチド相互作用に焦点をあてて,新奇細胞接着ペプチド発見のためのペプチドアレイに基づく大量スクリーニングと計算機分析との組み合わせによるペプチドスクリーニング効率改善新戦略を開発した。ペプチドスクリーニング用培養細胞はNIH3T3細胞を使用した。限定ランダムペンタペプチドライブラリー634種類から得たスクリーニングデータよりスタートし,細胞接着ペプチドの構造特性に関係している規則をファジー神経回路網(FNN)分析で抽出した。この規則により有効結合を導く位置で非有効性の好ましくない残基が含まれているペプチドを除外した。限定2次ランダムライブラリー273種類で基本的なアレイペプチドの1.5倍以上の接着比率を保有するペプチドの収率は非限定ライブラリーでの20%と比べて有意に高値(31%)であった。更に,限定第3ライブラリー50種類で接着機能を有するペプチドの収率が84%に増大した。以上から,FNN支援ペプチドデザインの概要一覧表で提示したように限定数のペプチドをスクリーニングする実験の反復サイクルがFNNの規則抽出の特徴で支援できると推定した。なお,本法により最高接着活性を有すると同定した新奇テトラペプチド骨格は8種類あり,いずれも既知のインテグリンリガンドRGDSより相対的に高い比率の細胞接着を示していた。

シソーラス用語： *オリゴペプチド ,  *3T3細胞 ,  相互作用 ,  *細胞接着 ,  センサアレイ ,  バイオセンサ ,  ファジィニューラルネットワーク ,  アルゴリズム ,  スクリーニング ,  分子設計 ,  *計算機利用システム ,  ペプチドライブラリー ,  構造特性 ,  インテグリン ,  規則 ,  *NIH 3T3細胞 ,  テトラペプチド ,  ペプチドアレイ ,  *細胞結合 ,  *結合
準シソーラス用語： ファジー神経回路網 ,  ファジー神経回路網アルゴリズム ,  計算機支援システム ,  計算機支援スクリーニング ,  計算機支援分子デザイン ,  培養細胞-ペプチド相互作用 ,  分子デザイン

分類 (2件)： 生物学的機能  (EB03040U) ,  細胞生理一般  (EF02010S)

物質索引 (1件)： RGDSペプチド

タイトルに関連する用語 (11件)： ペプチドアレイ ,  ファジー神経回路網 ,  アルゴリズム ,  細胞 ,  分析 ,  相互作用 ,  ペプチド ,  計算機 ,  支援 ,  スクリーニング ,  デザイン